הרב הראשי, נשיא בית הדין הגדול, הגאון רבי דוד לאו פתח את מסכת ההספדים ואמר: "בכאב גדול אנחנו עומדים על יד מיטתו של מורנו ורבנו שזכינו בקרבה גדולה לראות אותו כאבא, כמחנך, כמורה דרך, לרבני ודייני ישראל.
הרב אליהו בקשי דורון, מהיום שגדל מבית המדרש, עלה והמשיך הלאה להיות רב בבת ים, מקרב אנשים לאביהם שבשמיים. משם המשיך לחיפה, ישב בראשות בתי דין, מחנך אנשים, והנה עלה להיות ראשון לציון ורב ראשי לישראל. שגם כאן המשיך להפיץ תורה בארץ ובתפוצות. היה רב של רבנים, גם אחרי פרישתו המשיך הלאה. לגדל תלמידי חכמים שיהיו תלמידי חכמים".

הרב הראשי, הראשון לציון, מרן הגאון רבי יצחק יוסף, הספיד דרך הטלפון: "אוי לו לעולם שאיבד מנהיגו, אויה לה לספינה שאבד קברניטה. אנחנו נמצאים עכשיו בחג, אבל חכם גדול כזה בפניו – בוודאי יקרא ה' להספד. בכל השנים שכיהן בתפקידיו – היה מזכה את הרבים, הלך ממקום למקום להפיץ תורה. בכל מקום שהגיע הקים עולה של תורה. כשהיה בחיפה, הקים את הכולל הגדול, הכשיר רבנים ודיינים.

"הוא המשיך את השושלת המפוארת של הראשונים לציון לדורותיהם. זכינו להכיר אותו עוד כשכיהן בישיבת 'פורת יוסף' קטמון. ספריו הרבים, בניין אב, רואים איך הוא שילב את השיטה הליטאית מ'חברון' ושיטת ההלכה כפי שלמד ממרן האבא זצוק"ל.
"הרבנות הראשית חייבת לרב בקשי את תקומתה המחודשת בשנים האחרונות. למדו ממנו ענווה מהי. המנוח היה מקורב למרן האבא. כשהיה בחור צעיר – שלח מכתב למרן האבא בכדי לדעת היכן ללמוד. מרן שלח לו מכתב ועודד אותו בישיבת 'חברון', לאחר נישואיו התגורר בשכנות איתנו ברחוב חנה. היה מגיע בערב ללמוד עם האבא וכך למד ממנו את דרך הפסיקה.

"זכורני שמרן האבא קרא לו וביקש שידפיס את כל הפסקים לספר, מרן האבא לחץ אותו. זיכה את הדור. מי יתן לנו חליפתו, מי יתן לנו תמורתו. חייבים ללמוד מדרכיו, בענווה, ביראת שמיים ובהתמדה".

מרן הראשון לציון הגאון רבי יצחק יוסף פרץ בבכי על המצב ואמר: "שהקב"ה יחוס וירחם עלינו, שהקב"ה יאמר די לצרותינו ויעצור את המגפה. 'אבינו מלכנו מנע מגפה מנחלתך', תעמוד לפני הקב"ה ותתחנן לפניו שנוכל לחזור לבתי הכנסת ובתי המדרש".

הגאון רבי יהודה כהן, ראש ישיבת 'יקירי ירושלים', ספד: "אנחנו בצער גדול, צריך לזכור שהשכינה גם בצער. מה הקב"ה רוצה מאיתנו? הוא אומר לנו: תעוררו – הגיע הזמן לגאולה, אבל תפתחו את הלב, תתפללו, תקיימו את המצוות."כל אחד ואחד מאיתנו, יתחזק בעבודת ה', בלימוד התורה, בשמירת השבת, בשמירת המצוות. הקב"ה מדבר איתנו, בעוונותינו הרבים, בשפה קשה".

הגאון רבי ישראל מאיר לאו, שכיהן לצידו של הראשון לציון ברבנות הראשית, ספד דרך הטלפון ואמר: "יום קשה מאוד, בעיצומו של חג החרות, אתמול התבשרנו שמצבו השתפר ולקראת ערב הגיעה הידיעה המרה הזאת שנלקח מאיתנו מאור עוזנו, הגאון הגדול רבי אליהו בקשי דורון זצ"ל.
"מה אני אומר? משפט אחד שאני יכול לצטט ממנו: צר לי עליך אחי, נעמת לי מאוד. אני אומר אחי כי בספרו האחרון הוא כתב לי 'רעי כאח לי', הוא כותב לי 'כאח לי', אני מרשה לעצמי לקרוא לו היום 'צר לי עליך אחי, נעמת לי מאוד'.

"נכנסנו יחד להיכל הרבנות הראשית, הכרתי אותו די מרחוק. זכרתי אותו מרבה של בת ים ורבה של חיפה. שמעתי עליו פה ושם. לא יותר מזה. ניהלתי איתו שיחה אישית כל שהיא. היינו אופי אחר לגמרי, ואנחנו צריכים להיות יחד עשר שנים בכדי למנוע חילולה במחלוקת.

"גם בחילוקי הדעות שהיו בינינו, והיו, אבל שמרנו מכל משמר על אחדות הרעים, לפחות כלפי חוץ.
לקחו אותך מאיתנו בעיצומו של חג החירות, אבל בימים שאנחנו זקוקים לתפילה. התפילה שלך צריכה לעזור לנו לעצור את המגיפה. אנא, אחוז בכיסא הכבוד, אחוז שם משמיים, תזעיק את הצדיקים שיתפללו על עמך ישראל".

הראשון לציון ורבה של ירושלים, הגאון רבי שלמה משה עמאר, ספד: "שר וגדול נפל בישראל. הקדושה והטהרה, מידת החסידות האמיתית. אין יום שלא התפלל בנץ. היה מתענה בכל ימי השובבי"ם, הרבה בקדושה ובחסידות והכל בהסתר. הוא הלך בסתר גדול, ועכשיו אנחנו חסרים גברא רבא.
"מי יעמוד בצרה הזו? מי יעמוד ויתפלל על כלל ישראל? על מי יש לנו להישען? הזדכך ביסורים וכעת עלה בסערה השמיימה. ריבונו של עולם, אין לנו על מי להישען, רק עליך. אין לנו כוח לזעוק ולהתפלל מרוב השמועות המגיעים מכל קצוות תבל. אנחנו נושאים עיניים לה', מתחננים בלב נשבר.
"אנחנו מבקשים ביום הקשה הזה, יום גדול של מועד של פסח, אבל יום קשה על שר וגדול שנפל בישראל. הראשון לציון הרב הראשי ונשיא בית הדין הגדול, שכל הרבנים והדיינים אהבו אותו, רוא אותו אביהם, ראו אותו כעמוד אש ההולך לפני המחנה. אנחנו מבקשים מכבוד קדושתו של המנוח הצדיק והחסיד הזה: אנא, אתה יודע מה שקורה, לא תנוח, תהיה שליח ציבור, כל ימיך היית שליח ציבור של עם ישראל. גם עכשיו אתה עולה כשליח של כל כלל ישראל, תעמוד לפני המלך, מלך מלכי המלכים הקב"ה, ותתחנן לו, לא לשקוט ולא לנוח ולא לקבל שום דחיה, הגיע העת, כבר אין כוח, תצעק בכל כוחך, כל צעקות עם ישראל מלווים אותך, ואז 'וישמע אלוקים את נאקתם'.

"ישלח הקב"ה את מלך המשיח ויושיענו מהצרה הזו, תצמח ישועה גדולה. אולי אחרי הזיכוך והקדושה שהגיע – אולי בחרו בו להביא את הישועה הזו".

הגאון רבי ראובן אלבז, חבר מועצת חכמי התורה וראש ישיבת 'אור החיים', ספד: "היה השושנה היקרה של העולם, ממש כשושנה, לקח אותו הקב"ה ואמר: בשבילך רבי אליהו בקשי דורון, החסיד, בעל האישיות, בעל הרחמים והחסידים, מזכה הרבים, הראשון לציון, בוא לירושלים נבשר, רבי אליהו הצדיק, השושנה היקרה הזו, שנלקחה מאיתנו.
"בתי כנסיות, בתי מדרשות, ישיבות, כוללים – כל מקום שדרכה כף רגלו הרים את כבוד ה' יתברך. עכשיו הינה לך, אדוננו הצדיק, נתנה לך הרשות לדבר על כלל ישראל.

"נלקח מאיתנו הפאר וההדר. הראשון לציון, הגאון החסיד והעניו, מזכה הרבים הגדול בעולם. בכל העולם דרכה כף רגלו. הרים את כבודה של תורה. אחים יקרים, נרבה אהבה, נקבל עלינו עול מלכותו יתברך, נלך בדרכיו של המנוח".

הגאון רבי בניהו שמואלי, ראש ישיבת 'נהר שלום', ספד: "הגאון רבי אליהו בקשי דורון עלה בסערה השמימה. הוא כיפף את יצר הרע, הכניע את המקטרגים וכך עלה השמימה. הנה נראה עכשיו, הזכות הגדולה של מורנו ורבנו, העניו, השקדן, החסיד, שמתפלל כל יום בנץ החמה.
"זכית, רבי אליהו. הנה אתה עכשיו שליח ציבור גדול, כל עם ישראל תמיד נשען עליך, רוצים להישען עליך. תעלה לפני בורא עולם, תזעק, זו עת צרה. יש לך זכויות רבות. הקב"ה אוהב אותך, תעמוד לתפילה. מה יהיה עם הנגף הזה, עם הנגיף הזה? כל יום עם ישראל מתחננים לבורא עולם שיעלו התפילות".

הגאון רבי משה צדקה, ראש ישיבת 'פורת יוסף', ספד דרך הטלפון: "חבל על דאבדין ולא משתכחין. הרב המנוח, הרב הראשי, רבי אליהו בקשי דורון, הכרנו אותו מצעירותו, עוד כשהיה צעיר. היינו לומדים בכולל 'קול יעקב'. המנוח, היה בולט בתורתו, בחידושיו, בחוכמתו. אבל למעלה מכולם, ענווה גדולה מכולן. מכל המעלות זו הייתה הענווה. הרב בקשי היה מצטיין בתורה אבל למעלה מהכל זו הענווה שלו, הענווה היקרה שהייתה לו.

"הקב"ה לוקח צדיק ומכפר על הדור, הענווה שהייתה בו, זיכוי הרבים שהיה בו. עומד כעת ומתפלל. מבקשים ממנו: תתפלל. זה מצב שלא היה מעולם. הקב"ה לא רוצה שנתפלל לפניו. נחרב בית המקדש, התפללנו בכותל, היה לנו מקדש מעט, אבל גם זה נסגר לנו בכלל. איפה היה דבר כזה? מה אנחנו צריכים לעשות? ללמוד תורה ולהתפלל בביתנו ולחשוב למה הקב"ה לא רוצה שנתפלל".

יו"ר ש"ס השר אריה דרעי ספד דרך הטלפון: "קטונתי מלהספיד את מורנו ורבנו. שמענו את הדברים של גדולי ישראל. הכאב הוא נורא. אי אפשר להבין שאנחנו היום, בחול המועד פסח, לא נוכל להגיע לכבד את מורנו ורבנו שמסר את נפשו בשביל עם ישראל."אני זוכר בבת ים איך היה הולך מרחקים בשבת בכדי למסור שיעור לשני אנשים. העמיד עיר שממה. כל מה שיש בבת ים היום – זה בזכות מסירות הנפש שלו. אי אפשר למנות את כל מה שהוא עשה בארץ ישראל. איש עשייה. העמיד עולם של תורה. מתלמודי התורה הכי מצויינים שיש לנו בירושלים. מעולם לא הסתפק במה שיש והכל בשקט. אנחנו היום לא יכולים לכבד אותו, ברוך דיין האמת, הקב"ה כך רוצה.

"הוא היה גדול הדור של בין אדם לחברו, סבל ייסורים קשים ומעולם לא התלונן. לא יכל לומר לאנשים לא".

הגאון רבי שמואל רבינוביץ, רב הכותל והמקומות הקדושים, ספד: "אני לא ראוי לעמוד כאן לפני מורנו ורבנו הראשון לציון זצ"ל. היה יפה בעליונים, היה יפה בתחתונים. כל מי שראה אותו איך שהוא פוסק בהלכה. כשהיינו שואלים אותו שאלה הלכתית היה אומר מיד את דבר ה'. היה יודע ואומר בלא שום הרהורים.

"גדולתו בתורה, לא אני, שמענו את כל גדולי התורה מדברים על פסקי ההלכה שלו. הוא תמיד ביקש להפיץ את פסקי ההלכה שלו, ספרי ההלכה, ואכן הם נמצאים בכל בתי המדרש.

"מורנו ורבנו סבל יסורים קשים. לפני חודש הייתי אצלו, לדבר דברי תורה והלכה, זה מה שענין אותו. הוא היה סמל. מסירות נפש. מורנו ורבנו היה הולך כל יום שישי לכותל המערבי להתפלל ולהיות שליח ציבור. בחורף ובקיץ היה בא ואומר תהילים על עם ישראל. ברגע הגדול הזה, בשעה הקשה הזו, אנחנו מבקשים ממנו להמשיך להיות שליח ציבור, עם ישראל נמצא בתקופה קשה".

לאחר מכן נשא הגאון רבי מאיר מאזוז, ראש ישיבת "כסא רחמים", דברי הספד דרך הטלפון.

בנו, הגאון רבי בן ציון בקשי דורון, ספד: "על שלושה דברים העולם עומד: על התורה, העבודה וגמילות חסידים. התורה שלו, העמל שלו. לא היה לו שעון מעורר, אף פעם לא פספס. היה יושב להכין שיעור ולראות אותו שהוא שוכח מכל העולם. איזו שמחת התורה, זה מה שהחייה אותו.

"עבודה – עבודת התפילה, אי אפשר לשכוח, כל החיים נלחם על שלמות התפילה, אבא ואמא היו קמים באשמורת הבוקר, הוא מהראשונים בבית הכנסת. ואמא ע"ה שגם טמונה פה, הייתה קמה ומתפללת על עם ישראל. הלב הטוב שהיה להם.

"גמילות חסדים: אבא, אי אפשר היה, לא עניין אותו כבוד, הוא היה רב שאנשים לא יעמדו בשבילו. לא עניין אותו ממון, אי אפשר היה לקנות אותו. היה מתנהג בפשטות עם המעמד שלו. גמילות חסיים – עשו גמילות חסדים בגופם וממונם. לא נדבר על כל המסכנים מחיפה, ניצולי שואה, כולם נכנסנים ואת כולם הוא מקבל ומקדיש להם מזמנו ואמא מאכילה אותם. זה בית של חסד. אין שבת שלא היו מסכנים יושבים על השולחן. הקים קרנות של צדקה וחסד. כסף נתן לאביונים, לחתנים וכלות. אבא הקים עשרות בתי כנסת בארץ ישראל.

"הוא היה רב ראשי ספרדי אבל הלב שלו היה בכל עם ישראל. ספרדים, אשכנזים וחסידים. אנשי המזרחי ורחוקים יותר.

"אבא לפני חמש שנים נפל למשכב, נהיה חולה כליות, היה לו קושי גודל אבל חי באמונה. ניסה להתגבר יום אחרי יום, מתגבר וחוזר לבית המדרש. אבא עכשיו ממשיך לחיות, עולה למעלה וממשיך עם החיים הרוחניים שלו.

"אנחנו רוצים, בשם המשפחה, היו לנו ימים קשים, היינו צריכים לטפל באבא בחמש שנים האחרונות. היו ימים שהיינו בבתי חולים איתו. אולי לא תמיד נהגנו בדרך ארץ כמו שצריך, אנחנו רוצים לבקש ממנו, אבא, בשם המשפחה, העוזרים שלך המסורים, בשם כולם, רוצים לבקש ממך אבא, סליחה מחילה וכפרה".

לאחר תום ההספדים נטמן הראשון לציון זצ"ל למנוחת עולמים לצדה של רעייתו.