בעצרת המספד המרכזית שנערכה בעיר נתיבות, בקהילת "לב אליהו", סמרו שערות הנוכחים מעדותו האישית של רב הקהילה הרה"ג ר' משה פרץ שליט"א שסיפר כי בקבורת מרן זיע"א עמדו עשרות בחורי ישיבת ואברכים, בפרט אברכים שאינם מבני עדות המזרח, שלא זכו להעריך את מרן כראוי בימי חייו.
הם חלצו את נעליהם כפי שנפסק להלכה וביקשו במעמד עשרה מחילה על קברו. הם אמרו "חטאנו לאלקי ישראל, ולמורנו הרב עובדיה יוסף". עשרות עשו כך בקבורה עצמה. ה' יחזיר בתשובה את כולם.
מאוחר יותר נצפו עוד מעמדים רבים שכאלה, של אנשים רבים שהתפתו לדברי אותם לבלרים שפלי דעת ופסעו אחריהם בחוסר הערכה כלפי גדול הדור, גאון ההלכה, האיש שהחזיר עטרה ליושנה.
בתקופת חייו האחרונה של מרן הכירו הכל בהנהגתו, כל החוגים והעדות הביטו עליו כעל אחד ממנהיגי הדור – במושגים היסטוריים. הם הבינו וחלק מהם הספיקו לבקש את מחילתו בימי חייו, אחרים עושים זאת לאחר הסתלקותו מן העולם…
(שר התורה).
