א. אפשר לעלות לספרי תורה שבזמנינו, ולברך עליהם ברכות התורה בלב שקט, ולא יהיה לבו נוקפו שמא ספר תורה זה פסול, כפי שהדבר מצוי בבדיקה של הספרי תורה בעת הגהתן – ואם כן נמצאו כל ברכותיו ברכות לבטלה, שאנו סומכים בזה על חזקת הכשרות של הספרי תורה, בצירוף שיטת הרמב"ם שאין הברכה על ספר תורה זה שמברך עליו עתה. ומכל מקום אם נתברר שספרי התורה שבבית הכנסת פסולים, [וכפי שהדבר מצוי בכמה ממחנות הצבא בארץ ישראל], אין לברך על ספרי תורה אלה, עד שיתקנו אותם. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קלט].
ב. מעיקר הדין אין חובה לבדוק את ספרי התורה במחשב שיצא לאחרונה, הבודק את כשרותן של הספרי תורה. ומכל מקום נכון והגון מאד לעשות כן. אבל אין לסמוך על בדיקת המחשב במקום הבדיקה על ידי סופר מומחה, כנהוג. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קמ].
ג. קהל שיש להם בבית הכנסת ספר תורה גנוב, או שנקנה מבלי משים מגנבים, יש להסתפק אם הקהל יוצא ידי חובת קריאת התורה בספר תורה זה, וכן יש להסתפק אם מותר לברך ברכות התורה על ספר תורה זה. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קמא].
ד. מצוה מן המובחר לכתחלה שבבית כנסת של ספרדים, יקראו בספר תורה שנכתב בכתב ספרדי, ובבית כנסת של אשכנזים יקראו בספר תורה שנכתב בכתב אשכנזי, כדי שלא לשנות ממנהג אבותיהם. אולם כל זה להידור מצוה, ולמצוה מן המובחר, אבל מעיקר הדין וההלכה מותר לספרדי לכתחלה לעלות לספר תורה שנכתב בכתב אשכנזי, וכן להיפך, שאין שינוי צורת האותיות פוסלת כלל. ואף שבספרי התורה של הספרדים נוהגים לכתוב אות צ' באות יו"ד הפוכה, דבוקה אל פני האות, וכדעת האר"י ז"ל, אפילו הכי כשרים אף לאשכנזי. וכן המנהג פשוט, כי כולם אמת ויסודתם בהררי קודש, ואלו ואלו דברי אלוקים חיים. והמונע עצמו מלעלות לספר תורה מחשש פסול בגלל צורת האותיות, הוי כמוציא לעז על קדושת הספר תורה ח"ו. (וראה לעיל בענין שינוי המבטאות). [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קמב].
ה. בית כנסת של אשכנזים שיש להם בבית הכנסת גם ספר תורה שנכתב בכתב ספרדי, ורוצים להעבירו לבית כנסת של ספרדים, כדי לקיים מצוה מן המובחר לקרוא בספר תורה שנכתב בכתב שלהם, מותר להם להעביר את הס"ת לבית כנסת של ספרדים. [ילקו"י, הל' קריאת התורה עמו' קמד].
ו. אף מי שמניח תפילין שנכתבו בכתב ספרדי, מותר לו לעלות לספר תורה שנכתב בכתיבה אשכנזית, למרות שהתפילין בראשו, ואין בזה משום תרתי דסתרי וכן להיפך. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קמה].
ז. יש להכשיר ספרי תורה אשר חלק מהאותיות שלהם נכתבו בכתיבה אשכנזית, כסברת הרב "ברוך שאמר" שהובא בבית יוסף, וחלק מהאותיות נכתבו בכתיבה ספרדית כדעת האר"י ז"ל. והוא הדין כשחלק מאותיות הצד"י נכתבו כשהיו"ד הפוכה, ונוטה לצד ימין, וכדעת האר"י ז"ל, וחלק מאותיות הצד"י הם ביו"ד רגילה, וכדעת מרן הבית יוסף. וכן הדין בתפילין ומזוזות. ומכל מקום מהיות טוב אל תיקרי רע, ואם ידו משגת להחליף את התפילין שנכתבו בכתב כזה, לתפילין שנכתבו בכתיבה ספרדית, (או לאשכנזים בכתב אשכנזי, וכמנהגם) נכון שיעשה כן, כיון שיש טעם על פי הסוד לכתיבה הספרדית. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קמה].
ח. ספרי תורה של תימנים, שיש בהם כמה שינויים מספרי התורה שלנו, רשאים להוציאם לקרוא בהם בצבור בברכות התורה, כנהוג. ובפרט שאם נבוא לפסול את ספרי התורה של התימנים, תפרוץ מחלוקת גדולה בין הצבור על שאין אנו משגיחים במסורת אבותיהם מדורי דורות. ולכן יש להקל בזה. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קמו].
ט. ספר תורה של כמה מהתימנים, שהסופר חקק בו בין הפסוקים שתי נקודות, בסוף פסוק, וסימן מיוחד בטעמים זרקא ואתנחתא, כדי שהעולה הקורא בתורה ידע לפסוק הטעמים כדת, יש לנו להמנע מלעלות לספר תורה כזה, אפילו שסימנים אלו נעשו על ידי ציפורן, ללא כל רישום בדיו. ואם הזמינוהו לעלות לספר תורה כזה, יתחמק באופן שלא יגרום למחלוקת. אולם קהלות יוצאי תימן שנהגו לברך על ספר תורה זה שיש בו סימנים הנז', יש להם על מה שיסמוכו, ואין לעורר ח"ו מחלוקת, כי גדול השלום מאד. ובפרט שיש לצרף סברת הרמב"ם שמותר לברך ברכות התורה על ספר תורה פסול. אלא שמי שדבריו נשמעים לצבור, ייטיב להורות לצאן מרעיתו לתקן את הספר תורה על ידי מחיקת סימנים אלו, כדי שיהיה הספר תורה כשר לדעת כל הפוסקים, ודברי חכמים בנחת – נשמעים. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קמו].
י. אם נמצא טעות בספר תורה באמצע קריאת התורה, מפסיקים הקריאה ומוציאין ספר תורה אחר, ואין מחזירין את הספר תורה הפסול מיד לארון הקודש, אלא מניחים אותו בתיבה כשהוא סגור, עד לסיום הקריאה. והקורא בתורה מתחיל ממקום שנמצא הטעות, ויקרא בספר תורה הכשר לפחות שלשה פסוקים, קודם שיברך העולה ברכה אחרונה. ואין העולה חוזר לברך ברכה ראשונה, כי ברכה ראשונה שבירך על הספר תורה הפסול, עלתה לו בדיעבד. וכשמוציאים ספר תורה אחר באמצע הקריאה, על העולה שבירך באותה קריאה לשתוק ולא להפסיק בדיבור עד סיום הקריאה בספר תורה הכשר. ומשלימים שבעה עולים על אותם שקראו בספר תורה המוטעה, בצירוף הראשונים, ואין צריך לקרוא שוב שבעה עולים לספר תורה הכשר. [ילקו"י, הל' קריאה"ת עמוד קמז].
יא. אם נמצא טעות בספר תורה באמצע הקריאה, ואחר כך סיימו קריאת הפרשה בס"ת אחר כשר, הנכון הוא שבעת החזרת הספרי תורה לארון הקודש אחר הקריאה, להחזיר את ספר התורה הפסול לארון כשהוא סגור, ופותחין רק את הס"ת הכשר, להראות הכתב לצבור. [לפי מנהגינו שמחזירים הספר תורה כשהוא פתוח]. אולם מנהג ירושלים להחזיר גם את הס"ת הפסול כשהוא פתוח, ואומרים מזמור לדוד הבו לה' וכו', ואף שס"ת שיש בו טעות דינו כחומשים, מכל מקום לא חששו לכבודו של הספר תורה הכשר. והנח להם לישראל. [כן כתב בשלחן גבוה, ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמ' קמח. וראה עוד במילואים שבסוף הספר. מהדורת תשס"ד, עמ' שצג, ובשארית יוסף ח"ג עמ' ערב].
יב. אם נמצא טעות בספר תורה, ואין להם ספר תורה כשר אחר, לא יברך העולה ברכה אחרונה, וישלימו הפרשה מתוך הספר תורה הפסול בלי ברכות לפניה ואחריה. וגם את ההפטרה יקראו בלי ברכות לפניה ולאחריה. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קמט].
יג. גם אם נמצאת הטעות בקריאת המשלים, בפסוקים האחרונים של הפרשה, צריך להוציא ספר תורה אחר ולסיים בו הקריאה, ואין לסיים קריאת הפרשה בס"ת הפסול. ואם נמצא טעות בס"ת אחר הכהן והלוי, בשבת, והס"ת היה בחזקת כשרות, יוציאו ס"ת אחר, והשלישי יתחיל ממקום שפסק קודמו. ואף אם הוחזק הס"ת לפסול, וטעו וקראו בו הכהן והלוי, על השלישי לקרוא ממקום שפסק קודמו. ואם נמצא הטעות בב' וה' בעליית השלישי, אם קרא כבר ג' פסוקים אין צריך להוציא ס"ת אחר, אלא יאמר קדיש ולא יברך ברכה אחרונה. ואם עדיין לא קרא ג' פסוקים, כשיוציאו ס"ת אחר יקרא בו לא פחות מג' פסוקים ויברך. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמ' קמט].
יד. ספר תורה שמצאו בו תיבה או אות חסרה, או מיותרת, מוציאין ספר תורה אחר כשר, ואין מברכים על ספר התורה החסר. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קנ].
טו. אם נמצאו דיבוקים או פירודים בשעת קריאת התורה, בשבת ויום טוב, או בשני וחמישי, מנהגינו להוציא ספר תורה אחר, להשלים בו הקריאה. וכן המנהג. ואם יש ספק אם האות דבוקה לחבירתה או לא, אין מוציאין ספר תורה אחר מספק. ואם צורת האות ניכרת, אלא שיש בה דיבוק לאות אחרת, יש מקום לומר שאין צריך להוציא ספר תורה
אחר, וצריך עיון למעשה. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קנא].
טז. ספר תורה שנמצא בו טעות, ותיקנו הסופר, באמצע הקריאה, (בימי שני וחמישי, ראשי חודשים, חנוכה ופורים, ותעניות), והדיו עדיין לח, יש להקל לברך ולקרוא בספר תורה זה, ואין צריך להמתין מלקרוא בספר תורה עד שהדיו יתייבש. [ילקוט יוסף הלכות קריאת התורה עמ' קנג].
יז. ספר תורה שנמצא בו טעות בשבת בעת הקריאה, וביום שני או חמישי, או בשבת הבאה, שכחו והוציאו ספר תורה זה, ונזכרו באמצע הקריאה, יש להפסיק את הקריאה, ולהוציא ספר תורה אחר, ולקרוא בו ממקום שפסקו, אבל אינם צריכים לחזור על כל הקריאה מראש, שכבר יצאו ידי חובה במה שכבר קראו. [ילקוט יוסף הלכות קריאת התורה עמ' קנג].
יח. ספר תורה שנמצא בו טעות אחת, או שתי טעויות, מותר לקרוא בו לאחר התיקון, בברכות התורה, ורק אם נמצא בו שלש טעויות, נעשה מוחזק בטעויות, ואסור לקרוא בו עד שיגיהו אותו כולו מתחלתו ועד סופו. [ומ"מ אם באו בדין ודברים עם הסופר, בטענה שיגיה את כל הספר תורה על חשבונו הוא, יש לדון להקל בזה שלא לחייבו בכך]. וכל זה בטעות ממש שמשנה את הענין, אבל ביתרות וחסרות, או בפירודים ודיבוקים, מותר לקרוא בספר תורה לאחר התיקון. [ילקו"י, ח"ב עמ' קנד].
יט. ספר תורה שנטף עליו שעוה, ובאמצע הקריאה שמו לב לכך, אם הוא בשני וחמישי, ראוי שיגרדו בזהירות את השעוה לגמרי, ואפילו אם האות נראית מתחת לשעוה, גם כן נכון לכתחלה להסיר השעוה. ואם הוא בשבת ויום טוב, אם האות נראית תחת השעוה, יש להקל להמשיך לקרוא בס"ת זה. אולם אם השעוה עבה כל כך, עד שהאות מתכסית לגמרי ואינה נראית, יש להחמיר מלקרוא בספר תורה זה, וצריך להוציא ס"ת אחר, וגם לא ימתינו בין גברא לגברא כדי להוציא ספר תורה אחר, אלא אפילו באמצע הקריאה, אם נמצאת שעוה המכסה את האות לגמרי, אין לקרוא את האות בעל פה, אלא יוציא ספר תורה אחר. ואם השעוה נמצאת באות מפרשה אחרת, שלא מהפרשה הנקראת היום, אף שהאות אינה נראית, אין להוציא ספר תורה אחר, אלא אפילו באמצע הקריאה, אם נמצאת שעוה המכסה את האות לגמרי, אין לקרוא את האות בעל פה, אלא יוציא ספר תורה אחר. ואם השעוה נמצאת באות מפרשה אחרת, שלא מהפרשה הנקראת היום, אף שהאות אינה נראית, אין להוציא ספר תורה אחר, אלא יסיים את הקריאה בספר תורה זה, ואחר השבת יתקנו את הספר תורה כדין. [ילקו"י הל' קריאת התורה עמ' קנד].
כ. ספר תורה שנכתב על קלף משוח במשיחה לבנה, כשר לקרוא בו בצבור בברכות התורה. אלא שלכתחלה קודם הכתיבה יש להעביר על המשיחה מטלית לבנה ולקנח היטב את הקלף, שלא תהיה המשיחה עבה כל כך. אך אם לא עשו כן אין זה מעכב. ומכל מקום בקריאת פרשת זכור [ופרשת פרה], טוב ונכון להחמיר שלא לקרוא בספר תורה משוח, היכא דאפשר, אלא יקראו בספר תורה הכשר והמהודר ביותר, ושנכתב על קלף שאינו משוח. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קנו. ובמהדורת תשס"ד, בהוספות ומילואים עמוד שצב. שארית יוסף חלק ג' עמוד רעא].
כא. ספר תורה שהוגה כולו על ידי סופר מומחה, ואחר כך נמצאו בו ג' טעויות או יותר, ומיד כשנמצאת הטעות האחת, תיקן הסופר את הספר תורה, טרם שנמצאת הטעות האחרת, רשאים להמשיך לקרוא בספר תורה זה בברכות, לאחר תיקון הטעות, ואין צריך להגיהו כולו פעם שנית. ואפילו אם היו טעויות גמורות בחסרון וחילוף תיבות ואותיות, הדין כן. ואף בקריאת פרשת זכור יש להקל לקרוא בספר תורה כזה. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קנז].
כב. סופר המגיה ספר תורה, ומתקן בו בדיבוקים ופירודים, צריך שיאמר קודם התיקון "לשם קדושת ספר תורה". ואם לא ידע שצריך לומר כן, ותיקן בכמה מקומות בדיבוקים ופירודים, ופעמים שינה אות ה' לאות ח' וכיוצא בזה, נכון להחמיר שלא לקרוא בספר תורה זה בפרשת זכור [ופרשת פרה], אלא יקראו בספר תורה אחר, אם לא שיחזור לתקן את כל מה שתיקן שלא לשם קדושת הספר תורה. ובשאר שבתות השנה, אין לפסול לקרוא בספר תורה כזה. אם אינו יודע את המקומות שתיקן, שהרי בודאי בשעה שבא לתקן הספר תורה כוונתו היתה לשם קדושת הספר תורה, ומאחר ולא ידוע לו איפוא תיקן, יש להקל בדיעבד. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמ' קנז].
כג. ספר תורה שאין בו תגין, מותר לקרוא בו בדיעבד, כשאין שם ספר תורה אחר עם תגין, ומותר אף לברך ברכות התורה כשעולים לספר תורה הכשר רק בדיעבד. ומכל מקום יש לתקן את הספר תורה ולעשות בו תגין כדין. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קנט].
כד. אם תייגו אות נ' שבספר תורה משמאל לימין, אף שהתג השמאלי עשאו כאות למ"ד, מותר לברך ולקרוא בספר תורה זה, ולא חשיב כחק תוכות. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קס].
כה. ספר תורה שאותיותיו האדימו מחמת ישנות הספר תורה ועתיקותו, והוא בחזקת כשרות, מותר לקרוא בספר תורה זה, ולברך עליו ברכות התורה. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קס].
כו. אם נמצא נקב בספר תורה בסוף אות מסויימת, באופן שאין האות מוקפת גויל, ולא ידוע מתי נעשה הנקב, יש להכשיר את הספר תורה. ובנקב דק מאד, יש מצדדים להחמיר, והעיקר לדינא שגם בזה יש להכשיר את הספר תורה. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קסא. ובהוספות ומילואים שבסוף הספר, מהדורת תשס"ד, עמוד שצה. שארית יוסף חלק ג' עמוד עדר].
כז. ספר תורה שאות י' נכתב בתוך אות נ' כגון פני, ומצאו הדבר באמצע קריאת התורה, יש להראותו לתינוק דלא חכים ולא טיפש, ואם יקראנו נו"ן אין להוציא ספר תורה אחר, אבל אם ברור שלא אבדה צורת האות, יש להכשיר הספר תורה ולהמשיך לקרוא בו בברכות, ואין בזה חשש ברכה לבטלה. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קסא].
כח. אות למ"ד שהוא"ו שעל גבה קצר, ודומה לאות יו"ד, אין לפסול את הספר תורה, ומותר להמשיך ולקרוא בו בברכות. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קסב].
כט. ספר תורה שראש אות הלמ"ד נכתב בצורת אות ז' למעלה, ונמצא הדבר באמצע קריאת התורה, אין להוציא ספר תורה אחר מפני זה, ויש להכשיר הספר תורה ולברך עליו. ואף אם היתה צורת הוא"ו שעל הלמ"ד הפוכה, יש להכשיר בדיעבד. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קסב].
ל. ספר תורה שראש אות למ"ד שבשיטה השניה נכנס בתוך אות כ"ף סופית שבשורה העליונה, יגרור ראש הלמ"ד, ויחזור ויכתבנו מחוץ לאות כ"ף, וכשר. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמ' קסג].
לא. יש לכתוב את שירת האזינו בס"ת ע' שורות, ואם טעו וכתבו ס"ז שורות, יש להכשיר בדיעבד. וכיוצא בזה בשירת הים שצריך לכותבה לכתחלה בשלושים שורות, שאם כתבה בכ"ח שורות, יש להכשיר הספר תורה. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קסד].
לב. ספר תורה שבפרשה פתוחה שלו נסתיימה הפרשה בסוף השורה, והסופר השאיר ב' שורות פנויות, והתחיל בראש השלישית, יש להכשיר הספר תורה. [ילקו"י, הלכות קריאת התורה עמ' קסה].
לג. ספר תורה שיש בו יריעות במספר שורות פחות מיריעות אחרות, יש להכשיר הספר תורה. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קסה].
לד. אות ה' אחרונה של שם שנמצאת בספר תורה כשהיא דבוקה ברגלה השמאלית דיבוק דק מאד בגגה, כל שנתברר שהאות נכתבה כהלכתה ורק אחר כך נפסלה, כגון שנתפשט הדיו ונדבקה, מותר להפריד את הדיבוק כל שהוא, ואין בזה משום חק תוכות, כיון שהאות נכתבה בהכשר כתקנתה. והכי עדיף טפי מלסלק היריעה ולהביאה לידי גניזה עם האזכרות שבה. [ילקוט יוסף, שארית יוסף חלק ג' עמוד ערה].
לה. ספרי תורה שנתקבלו מחוץ לארץ, ונמצאו בהם יריעות רבות שכל יריעה היא דף אחד או שני דפים בלבד, בניגוד למה שאמרו (במנחות ל.) שאין לעשות יריעה פחותה משלשה דפים, מותר לקרוא בספרי תורה אלה אף לכתחלה, אפילו אם יש בבית הכנסת ספרי תורה אחרים שנעשו כדת וכהלכה, ומברכים על ספר תורה זה ברכות התורה, שהדבר נחשב כדיעבד. [שארית יוסף ח"ג עמ' ערה].