א. קודם הוצאת הספר תורה בשני וחמישי, אומרים חצי קדיש, ולאחר אשרי ובא לציון אומרים קדיש תתקבל. ואם טעה ואמר קדיש תתקבל קודם אשרי ובא לציון, יחזור ויאמר קדיש תתקבל פעם ב' אחר ובא לציון. דקדיש תתקבל חוזר על קדושא דסידרא והתחנונים שבברוך אלהינו, ולכן בליל פורים אומרים קדיש תתקבל רק אחר מקרא מגילה ואמירת ובא לציון. [רבי דוד אבודרהם דף נה. ושלא כדעת התוס' במגילה ד. ועיין במגן אברהם ובאליה רבה ריש סימן תרצג]. וביום שיש בו מוסף אומרים קדיש תתקבל קודם קריאת התורה. [תוס' מגילה כג. ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה, עמוד א].
ב. פשט המנהג למכור את המצוות לפני פתיחת ההיכל, כדי לחבב את התורה על הצבור. [מרדכי סוף מגילה, טור סי' קמז. מהרי"ק שרש ט' ב"י ורמ"א שם ס"ב]. ונהגו למכור את מצוות פתיחת ההיכל, הוצאת הספר תורה, עיטורו ברימונים, והעליות. ואף בשבת ויום טוב נהגו למכור את המצוות, ואין בזה כל איסור של מקח וממכר בשבת ויום טוב. [עפ"ד הר"ן שבת קנ. דרכי משה סי' שו אות ג. מהרש"ל ים של שלמה ביצה סי' ח']. ובפרט שעל ידי מכירת המצוות ימנע מחלוקת בבית הכנסת בחלוקת העליות. וגם יוכלו לשלם בזה לשליח צבור ולחכמים המלמדים. ויש ליזהר בעת מכירת המצוות שלא לדבר דברים בטלים בבית הכנסת. ומה טוב שילמד עד כמה שאפשר, ויעיין בספר שבידו. [מרן החיד"א בלדוד אמת, וכ"ה בחסד לאלפים]. ומן הראוי שהגבאים לא יאריכו יותר מדאי במכירת המצוות, מפני טורח ציבור. ומי שאשתו בהריון בחודש התשיעי, נהגו שפותח את ההיכל. וכיון שהתחיל במצוה יגמור וגם יסגור הארון, כי זהו כבוד התורה, וכשם שעושה סימן לפתוח את רחמה, יעשה סימן לסגור את רחמה אחר הלידה. [מהר"ח פלאג'י בספר חיים סי' א' אות ה', ילקוט יוסף, חלק ב', הלכות קריאת התורה, עמ' א].
ג. יש שנהגו לקנות הולכת והגבהת הספר תורה לבניהם הקטנים. [באופן שיודעים להחזיק הספר תורה כדי שלא יפול ח"ו]. כדי לחבב עליהם את התורה. [מהר"א פלאג'י באברהם את עיניו סוטה מז. תעלומות לב ח"ג קונ' הליקוטים אות ז'] ויש שנהגו שהרב הוא המוליך הספר תורה, שעל ידי בני אדם גדולים התורה מתעלה בהם. [תעלומות לב שם. וע' בשו"ת יוסף אומץ סי' נו]. ובמקומות שנהגו שפתיחת שערים גדול ממצוות רימונים, אין לבן או לתלמיד לפתוח ההיכל כשאביו או רבו עושים מצות רימונים, אלא אם כן מחלו לו. [אמת ליעקב אות ז, מרן החיד"א בלדוד אמת סי' ד' אות ו, וכן הוא לפי האר"י ז"ל, דפתיחת שערים גדול יותר מהלבשת רימונים. וראה בילקוט יוסף חלק ב' על הלכות קריאת התורה, עמוד ב'].
ד. כבר פשט המנהג לומר "בריך שמיה" לפני הוצאת הספר תורה, [זוהר הקדוש פרשת ויקהל דף רו].
ולא חששו בזה שאומרים "ולא על בר אלהין סמיכנא", דהכוונה בזה על המלאכים. [ואף שהנודע ביהודה הורה שלא לומר נוסח זה, הנה מצינו נוסח זה בזוהר הקדוש (חלק ב' דף רו.). והוא על פי הנאמר בפסוק: ויראו בני האלהים את בנות האדם וכו', וכן מצינו באיוב, ויבואו בני האלהים להתייצב על ה'. והיינו מלאכים. וראה בתשובה מאהבה סימן כו וסי' קי. ובילקוט יוסף חלק ב' על הלכות קריאת התורה, עמוד ג'].
ה. מנהגינו שאין אומרים "בריך שמיה" בעת פתיחת ההיכל בימי שני וחמישי. ורק בשבתות וימים טובים ובראשי חודשים, אנו נוהגים לאומרו. [מרן החיד"א בניצוצי אורות, דהיינו בשבת, וכן דעת האר"י, וקבלתו מכרעת]. ויש נוהגים לאומרו גם בימי חול המועד. ומנהג האשכנזים לומר "בריך שמיה" גם בימי החול. [חמד משה ר"ס פב בשם המג"א, וראה בילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה, עמוד ג].
ו. המתפלל עם האשכנזים בימי שני וחמישי, ואומרים "בריך שמיה" בהוצאת הספר תורה, אם הוא נמצא במקומות שמותר להפסיק בהם, טוב ונכון שגם הוא יאמר עמהם את ה"בריך שמיה". אבל אם הוא לומד בבית הכנסת, וכיוצא בזה, ושומע מהצבור אמירת "בריך שמיה", אינו חייב להפסיק מלימודו כדי לומר עמהם בריך שמיה, ורשאי להמשיך בלימודו. [אולם כשמוציאים הספר תורה מארון הקודש ומוליכין אותו אל הבמה, יש לעמוד עד שיניחו את הספר תורה על התיבה]. והקורא פסוקי דזמרה, אף בשבת אין לו להפסיק לאמירת בריך שמיה עם הקהל. [ורק ישתחוה מול הספר תורה עם הצבור באין אומר ודברים] ובין ישתבח ליוצר מותר להפסיק לאמירתו. [כן כתב בשו"ת מהרש"ג חלק א' סי' נב, שאף הזוה"ק לא הצריך לאומרו אלא למי שמותר לו להפסיק, מה שאין כן לעומד באמצע פסוקי דזמרה. וכיו"ב כתב מרן בש"ע ס"ס סה. וראה בילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה, עמוד ד'].
ז. מה שנוהגים לכרוע באמצע "בריך שמיה" כשאומרים "אנא עבדא דקודשא בריך הוא דסגידנא קמיה", אף על פי שאין זה חיוב לכרוע, מכל מקום מנהג ישראל תורה הוא, הואיל ואומרים בפירוש "דסגידנא קמיה" אם לא יכרע ולא ישתחוה נראה כדובר שקרים. ומטעם זה נוהגים להשתחוות ב"עלינו לשבח" כשאומרים "ואנחנו משתחוים". [באהלי יעקב למהריק"ש (סימן נז) הביא ממוהר"ר ישראל בנימין שקרא תגר על המשתחוים באמצע בריך שמיה. והמהריק"ש השיב, שכל המשנה במזיד הוי בכלל כי דבר ה' בזה. וראה בילקוט יוסף על הלכות קריאת התורה, חלק ב' עמוד ה].
ח. הקורא קריאת שמע וברכותיה, או העומד באמצע פסוקי דזמרה, ושמע שהצבור אומרים "וזאת התורה וכו'" בעת הגבהת הספר תורה להראותו לעם, אין לו לומר פסוק זה עם הצבור, אלא יסתכל בספר תורה ויהרהר הפסוק בלבו, שהרהור לאו כדיבור דמי, ולא חשיב הפסק. [מרן החיד"א בשו"ת חיים שאל ח"א סי' סח. ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה, עמוד ו].
ט. בהוצאת הספר תורה מארון הקודש לתיבה כדי לקרוא בו, יש לפתוח את הספר תורה ולהראות לקהל לימינו, ומחזירו לפניו ולאחריו, כדי שיסתכלו באותיות הקדושות של הספר תורה, ששואבים משם אור גדול של קדושה. [מסכת סופרים פרק יד הלכה יד, ובירושלמי פרק ז' דסוטה ה,ד, דרשו על הפסוק, ארור אשר לא יקים את דברי התורה הזאת, על החזן המגביה את הספר תורה ומראה הכתב לעם, שצריך להקימה כראוי שיראו כולם את הכתב. ועיין ברמב"ן דברים כז, כו. ובילקוט יוסף חלק ב' עמוד ז]. ויאמרו ו"זאת התורה" וכו'. [מסכת סופרים שם. טוש"ע סי' קלד ס"ב, אהלי יעקב סי' נז]. ויש שנהגו להסתכל בתיבה שהיא האות הראשונה של שמו הפרטי. [ארחות חיים בשם פדה את אברהם. בן איש חי תולדות טז]. וראוי להוליך את הספר תורה מן ההיכל אל התיבה כשהוא פתוח, ופני נושא הספר תורה יהיו אל העם, ואחוריו אל ההיכל, והולך לצד ימין שלו, שהוא צד שמאל של ההיכל, וכך הולך סביב והספר תורה בידו עד שיגיע אל התיבה. ואף שהיא דרך ארוכה, כיון שהיא דרך ימין למוליך הספר תורה, ראוי לעשות כן. ובחזרה יחזירנו להיכל בדרך הקצרה, כדי שלא יצטרך להקיף כל כך. [שו"ת תורה לשמה סי' כב. ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה, עמוד ז].
י. נכון שכל אחד מהקהל יגש אל הספר תורה כדי לנשקו בידיו או בפיו, אבל אין זה מן הראוי שמוליך הספר תורה יושיט את הספר תורה לכל אחד ואחד כדי שינשקו, אלא בעת הליכתו לתיבה, יגשו מהקהל וינשקו את הספר תורה. ומותר להקיף את אולם בית הכנסת, כדי לעבור דרך ארוכה יותר אל התיבה. [אור זרוע, רמ"א ס"ס קמט. ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה, עמוד ח].
יא. בשעה שמגביהים את הספר תורה להראות הכתב לעם, מצוה גם על הנשים לראות הכתב, ולעמוד ולומר "וזאת התורה". ונשים נדות מותר להן להסתכל בספר תורה. [אך אסור להן להכנס לבית הכנסת למקום האנשים, כדי לראות הכתב מקרוב]. ומכל מקום רשאות להחמיר על עצמן שלא להכנס לבית הכנסת, ושלא לאחוז בספר תורה, ושלא להסתכל בספר תורה בעת שמראים אותו לעם. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה, עמוד ט].
יב. אם הוציאו מארון הקודש ספר תורה שאין כתיבתו מהודרת, אין להתיר להחזירו לארון הקודש כדי להוציא ספר תורה שכתיבתו מהודרת יותר. אבל אם הוציאו ספר תורה שאינו מוגה, ויש חשש שהוא ספר תורה פסול, מותר להחזירו להיכל ולהוציא ספר תורה אחר שהוגה, כדי לקרוא בו. ואם הוציאו ספר תורה פסול מחמת פשיעה, ועברו וקראו הפרשה בספר תורה הפסול, צריך לחזור ולקרוא הפרשה מתוך ספר תורה כשר, ואפילו בשני וחמישי הדין כן, מאחר ועשו כן בפשיעה ובמזיד. אבל אם חשבו שתיקנו הספר תורה, וקראו בו שלשה עולים בשני וחמישי, או במנחה של שבת, ואחר כך נתברר להם שהספר תורה שקראו בו היה ספר תורה פסול, אין צריך לחזור ולהוציא ספר תורה כשר כדי לקרוא בו את הקריאה שנית. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה, עמוד ט].
יג. אבל תוך שבעה ימי האבלות הנמצא בבית הכנסת ביום שני וחמישי, ונתנו לו פתיחת ההיכל, או הקמת הספר תורה, מותר לו לפתוח ההיכל, או להוליך את הספר תורה אל התיבה, כדי להראות את הכתב לצבור. ומכל מקום נכון להמנע מזה. [אמת ליעקב אות יז. מרן החיד"א בלדוד אמת סימן ג' אות טו"ב. ילקוט יוסף חלק ב', הלכות קריאת התורה, עמוד י].
יד. כבר פשט המנהג להחזיר את הספר תורה לארון הקודש אחר הקריאה, כשהוא פתוח, בין בשני וחמישי, בין בשבתות וימים טובים. ואין לשנות מן המנהג. ונהרא נהרא ופשטיה. [שהרי דעת הרמ"א לעשות הגבהה אחר הקריאה. וכן כתב מהרי"ץ דושינסקי. וכן המנהג. וראה בילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה, עמ' י', וראה עוד במה שכתבנו אודות מנהגינו זה, בהוספות ומילואים שבסוף ילקו"י הנ"ל, מהדורת תשס"ד עמוד שצד].
טו. בתי כנסת שיש להם ספר הפטרות העשוי בגלילה כעין ספר תורה, ומוציאים אותו בעת פתיחת ההיכל, מן הראוי לכתחילה להוליכו לתיבה כשהוא סגור, ולא להגביהו כשהוא פתוח בשעה שמגביהים את ספר התורה להראות הכתב לצבור, כדי שלא יהיה כבוד תורה וכבוד נביא שוה. ובמקום שנהגו להגביה את ספר ההפטרות עם הספר תורה, אין לערער על מנהגם, והנח להם לישראל. ומותר להניח ספר ההפטרות בארון הקודש ליד ספרי התורה, אבל לא ישתמש ברימוני הספר תורה להניחם בספר ההפטרות, אלא יקנו רימונים מיוחדים לספר ההפטרות. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה, עמוד יא].
טז. בשעה שמוליכין את הספר תורה אל התיבה, צריכים הצבור לעמוד מפני הספר תורה עד שנושא הספר תורה יעמוד כשיגיע למקומו, או עד שיתכסה מעיניהם ואחר כך יהיו מותרין לשבת. והמנהג לעמוד גם בשעה שמגביהים הספר תורה להראות הכתב לצבור עד שמניחים הספר תורה על התיבה. [גמ' קידושין לג: רמב"ם פ"י מהל' ס"ת ה"ט, ש"ע יו"ד סי' רפב ס"ב. ילקו"י, הל' קריאת התורה, עמוד יב].