א. מנהגינו שהצבור יושב בעת קריאת התורה, שרק השליח צבור והעולה לתורה צריכים לעמוד בעת הקריאה, וגם הנוהגים מבני אשכנז לעמוד בשעת הקריאה, מותר להם לשבת בין גברא לגברא. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד קפז].
ב. כיון שהתחיל הקורא לקרוא בספר תורה, אסור לספר בקול רם, אפילו בד"ת, ואפילו בין גברא לגברא נכון להחמיר שלא יקרא בקול רם. אבל לגרוס וללמוד בלחש מותר. וכל שכן אם יש עשרה המקשיבים לקריאת התורה, וכל שכן במי שתורתו אומנותו. וכן אם קודם שנפתח הספר תורה מחזיר פניו ומראה עצמו שאינו רוצה לשמוע קריאת התורה, מותר. ומכל מקום הנכון הוא שבכל הפרשיות ראוי למדקדק בדבריו לכוין דעתו ולשמוע קריאת התורה מהש"צ. [ילקו"י שם, עמוד קפח].
ג. אסור לאדם לצאת מבית הכנסת בעת שהספר תורה פתוח ובאמצע הקריאה, משום שנאמר ועוזבי ה' יכלו. ומכל מקום בין גברא לגברא, ויש שם עשרה בלעדיו, מותר לצאת. ובפרט אם הוא נצרך לצאת. ואף שהפסיד חלק מהקריאה, אינו חייב לילך לבית כנסת אחר לשמוע את מה שחיסר בקריאת הפרשה, שלא היתה תקנת הנביאים לקרות בתורה אלא בצבור, ולא הטילו חובת הקריאה על כל יחיד ויחיד, וכל שקראו בצבור סדרו של יום אפילו אם כמה יחידים לא שמעו קריאת ספר תורה, נתקיימה תקנת הנביאים. ורק קריאת שנים מקרא וא' תרגום היא חובה על כל יחיד ויחיד. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד קצא. וראה עוד בהוספות ומילואים שבמהדורת תשס"ד, עמוד שפז].
ד. מה שיש נוהגים לחלק לקהל בבית הכנסת עראק וסוכריות, בשעת קריאת המוסיפין בס"ת כשיש שמחה בבית הכנסת, יש למחות ביד הנוהגים כן. ויש להציע להם שידחו את הכיבודים הללו לאחר תפלת מוסף, לאחר שיעשו קידוש, ויחלקו עוגות לקהל. [ילקו"י ח"ב הל' קס"ת, עמוד קצב].
ה. הנוהגים לומר "אמת תורתינו הקדושה" בסוף קריאת התורה, לפני שיברכו ברכה אחרונה, אין למחות בידם משום הפסק, שיש להם על מה שיסמוכו, שהרי אין ההפסק אלא לאחר שכבר התחיל במצות הקריאה. ומכל מקום טוב ונכון ליעצם בנחת שלא לאומרו. [ילקו"י, הל' קריאת התורה עמוד קצב].
ו. בית כנסת שנהגו אצלם זה שנים רבות שחתן הבר-מצוה עולה לתורה לעליית שלישי, ולאחר שבירך ברכה אחרונה על קריאת התורה, עומד ודורש לפני הקהל, אם רוב הקהל מבקש להמשיך במנהג זה, יש להם על מה שיסמוכו. ונכון שבעת הדרשה יסגרו את הספר תורה, ולא יסתפקו בכיסוי הספר תורה במטפחת. ואם אפשר שהקהל יסכימו כולם מרצונם הטוב בלי שום מחלוקת שמכאן ולהבא חתן הבר-מצוה ידרוש לאחר סיום ברכות ההפטרה, כמנהג רוב בתי הכנסת בירושלים, עדיף יותר לעשות כן, ותבוא עליהם ברכת טוב. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמ' קצג].
ז. והוא הדין במקומות שנהגו שרב בית הכנסת דורש בפני הצבור בין גברא לגברא שיש להם על מה שיסמוכו. (אבל אין לנהוג כן לפני ברכה אחרונה) ויסגרו את הספר תורה בעת הדרשה, כמבואר. ומכל מקום נכון לשנות את המנהג בהסכמת הכל, ולקיים את הדרשה אחר ברכות ההפטרה כנזכר. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד קצד].
ח. קהלות שנהגו שאחר שהעולה מברך ברכה אחרונה עומד הרב ומפרש את הפסוקים בלשון שהקהל מבין, בין גברא לגברא, יש להם על מה שיסמוכו במנהגם זה, שדוקא לעשות תקנה בדרך של חיוב ולתרגם את הפרשה בתרגום אונקלוס, בזה לא רצו חז"ל להנהיג כן, מה שאין כן באופן זה. ובעת שהרב מפרש הפסוקים נכון שיסגרו את הספר תורה, ולא יסתפקו בהנחת מטפחת על כתב הספר תורה. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד קצה].
ט. יש נוהגים שהרב דורש לפני הקהל בעניני צדקה וכדומה, בעת שהוא עולה לספר תורה אחר קריאת התורה, קודם שיברך ברכה אחרונה, ואחר הדרשה מברך ברכה אחרונה על מה שקרא, אף על פי שיש להם על מה שיסמוכו, מכל מקום לכתחלה אין לנהוג כן, אלא נכון שהרב ידרוש אחר גמר הקריאה התורה והברכה האחרונה, או לכל הפחות בין גברא לגברא. [ילקו"י, הל' קריא"ת עמוד קצה].
י. יש מקומות שנהגו לשורר לכבוד החתן העולה לתורה, או לכבוד בעלי ברית, וחתן בר-מצוה לפני עלייתם לתורה. ונכון לסגור את הספר תורה בעת השירה, [ולא להסתפק בכיסוי המטפחת בעת השירה]. אבל לא יאריכו בשירה, ולא יטריחו יותר מדאי על הצבור. וכבר פשט המנהג בכל המקומות לומר מי שברך לעולה לספר תורה, ולא חששו בזה להפסק. ויש המאריכים מאד לחיי פלוני ולחיי פלוני וכו', וגורמים לטורח צבור. ואין לעשות כן. [ילקוט יוסף, הל' קריאת התורה עמ' קצה].
יא. הנוהגים לקרוא את הפרשה בעל פה בלחש, בשעה שהשליח צבור קורא מתוך הספר תורה, אין למונעם מטעם "דברים שבכתב אי אתה רשאי לאומרם על פה", שיש להם על מה שיסמוכו. והוא הדין במי שרגיל לקרוא הפרשה מידי שנה בשנה, ובדרכו לבית הכנסת בשבת ויום טוב רוצה לשנן בעל פה את הפרשה להכינה לפני קריאתו בתורה, יש לו על מה לסמוך, שמאחר ואינו מוציא את הרבים ידי חובה בעת קריאה זו, אין להקפיד בזה משום דברים שבכתב אי אתה רשאי לאומרם בעל פה. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד קצו].
יב. יש נוהגים לעמוד בשעת קריאת "עשרת הדברות" שבפרשת יתרו ובפרשת ואתחנן, או בחג השבועות, ואין זה מנהג נכון על פי ההלכה, שכבר כתב הרמב"ם, שיש לחוש בזה פן יאמרו שדוקא תורה זו מן השמים ולא השאר חס ושלום, ונותנים יד לפושעים בזה. ויש למחות בנוהגים כן. ומכל שכן במקום שתלמידי חכמים הבקיאים בהלכה יושבים בעת הקריאה, שיש למחות במי שעומד משום יוהרא. וכן כתבו כמה אחרונים. ומה שכתבו באיזה פוסקים אחרונים להתיר בזה, נעלם מהם תשובת הרמב"ם הנ"ל. ומכל מקום יוצאי אשכנז הנוהגים לעמוד במשך כל זמן הקריאה, אין כל איסור במה שממשיכים לעמוד גם בעת קריאת עשרת הדברות. [ילקו"י שם עמ' קצח].
יג. אם העולה לקרוא בתורה בפרשת עשרת הדברות הוא אביו או רבו, על הבן או על התלמיד לעמוד מיד עם עלותו לקרוא בספר תורה, לפני הברכה, שעל ידי כך ניכר הדבר שעמידתם אינה משום עשרת הדברות דוקא, ובזה אין חשש. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד ר].
יד. יחיד הנמצא בבית הכנסת שנוהגים בו שהקהל עומד בשעת קריאת עשרת הדברות, ואין לאל ידו לשנות את מנהגם, יקדים לעמוד בתחלת קריאת הפרשה, או לכל הפחות יעמוד בתחלת קריאת העולה לספר תורה, שהוזמן לקרוא בעשרת הדברות, כדי שלא יהיה יושב בין העומדים, וכמזלזל חס ושלום בקדושת עשרת הדברות. [ילקוט יוסף, ח"ב, ספר על הלכות קריאת התורה וביהכ"נ, עמ' ר].
טו. צבור שאומרים שירת הים ועשרת הדברות בקול רם עם השליח צבור יש למחות בידם. וראוי להעלות לס"ת את חכם הקהל לשירה ולעשרת הדברות. [ילקוט יוסף, הלכות קריאת התורה עמוד ר'].