א. מותר להתקין מכשיר אזעקה בתוך ארון קודש, שבמקרה של פריצה יוכל להפתיעם על ידי שמיעת קול האזעקה. ואף אם צריכים לחפור ולשבור בתוך ארון הקודש לצורך התקנת המכשיר, אין להחמיר בזה, מכיון שהדבר נעשה לצורך שמירת ספרי התורה. [ילקו"י, הל' קס"ת וביהכ"נ עמ' שח].
ב. יש אומרים שמותר להצניע בתוך ארון קודש תשמישי קדושה, כמו טלית ותפילין וכדומה. דהוי כהיתנו על זה מראש. אמנם לכתחלה יש להניח את הטלית והתפילין וכן החומשים בתוך הארון בחלק התחתון, ולא בחלק העליון שבו מונחים ספרי התורה. [ילקוט יוסף, הל' קס"ת וביהכ"נ עמ' שט].
ג. מותר להניח לשמירה בתוך ארון הקודש, שופר, או יין להבדלה, או לסגולה. אך לכתחלה טוב להניחם בארון למטה. [ילקוט יוסף, חלק ב' על הלכות קס"ת ובית הכנסת, מהדורת תשס"ד, עמוד תא. שו"ת יביע אומר חלק ח' סי' יט בהערה עמוד עט. שארית יוסף חלק ג' עמוד רפב].
ד. ארון קודש ישן שהעבירו ממנו את ספרי התורה לארון קודש חדש, יש אומרים שמותר להניח בתוך הארון הישן גמרות וספרי פוסקים, שלב בית דין מתנה עליהם מעיקרא. [ילקוט יוסף, חלק ב' הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שי].
ה. ארון קודש שהונחו בו ספרי תורה, אך לאחר שהוקדשו לבית הכנסת עוד ספרי תורה, אין הארון הישן יכול להכילם, ועמדו הגבאים ובנו היכל גדול, וברצונם לתת לתוך הארון הראשון ספרי תלמוד ופוסקים וכו', יש לסמוך על הט"ז וסיעתו להקל, מאחר והארון הישן נשאר פנוי, וזה עדיף יותר מאשר לגונזו. [ילקו"י, שם, מהדורת תשס"ד, עמוד ת'. שו"ת יבי"א ח"ח סי' יט. שארית יוסף ח"ג עמוד רפא].
ו. ארון קודש שהתיישן ואינו ראוי לתשמישו, וקנו ארון קודש חדש, מותר למכור את הארון הישן, והארון יוצא לחולין, והמעות ישמשו לדברי קדושה. [ילקוט יוסף, הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שיא].
ז. ארון קודש הבנוי בתוך הקיר, יש אומרים שאסור לעשות ממנו כסא לספר תורה, שיש בו קדושה יותר מקדושת הכסא של ספר תורה. ויש חולקים וסוברים שאין עליו קדושה יותר מקדושת בית הכנסת. [ילקוט יוסף, חלק ב', הלכות קס"ת ובית הכנסת בהוספות ומילואים, מהדורת תשס"ד, עמוד ת'. שו"ת יביע אומר חלק ח', חלק אורח חיים סימן יט. שארית יוסף חלק ג' עמוד רפא].
ח. ראוי ונכון שלא להישען על ארון הקודש בבית הכנסת. אולם כשיש דוחק רב בבית הכנסת, כמו בעת דרשת שבת הגדול, וכדומה, ועל ידי הדוחק יש הנשענים על ארון הקודש, יש להם על מה שיסמוכו, שכיון שאי אפשר בלאו הכי, הוי כהיתנו על כך מעיקרא. [ילקו"י, הל' קס"ת וביהכ"נ עמו' שיב].
ט. מותר לכתוב בתוך תיק הספר תורה נוסח "בריך שמיה" וכדו', כדי שבעת פתיחת ההיכל יוכלו לומר מתוכו את הבריך שמיה, ואין לחוש לכך שיאמרו שנוסח זה כתוב בתוך הספר תורה ממש. [ילקוט יוסף, חלק ב' על הלכות בית הכנסת וקס"ת, עמוד שיג].
י. יש מקומות אצל הספרדים שנהגו לפרוס פרוכת נוספת מבפנים לדלתות ארון הקודש, בנוסף לפרוכת החיצונית, ואף שאין חובה מעיקר ההלכה לנהוג כן, מכל מקום יש סמך נכון למנהגם. [ילקוט יוסף, חלק ב' על הלכות קס"ת וביהכ"נ, עמוד שיד].
יא. בית כנסת שהובא אליו מחוץ לארץ ארון קודש מפואר ביותר, מעשה חושב, ופרוכת פרוסה עליו כנהוג, ורוצים להדרו לצחצחו לצפותו זהב, וכולו אומר כבוד, ולשם כך רוצים להסיר את הפרוכת מעליו, ולהשאירו בלי פרוכת, כדי להראות את יופיו והדרו לקהל המתפללים, אין להתיר לעשות כן, אלא יש להמשיך במנהג של פריסת פרוכת על ארון הקודש, ואם המצא ימצא בית כנסת שהסירו מעל ארון הקודש את הפרוכת, שלא ברצון מורי הלכה עשו כן, ויש להעיר למוסר אזנם להחזיר עטרה ליושנה. [ילקוט יוסף, חלק ב', על הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שיד].
יב. יש לאסור לתלות פרוכת שמצוייר בה אריות על ארון הקודש מבחוץ. שמלבד שהדבר אסור על פי ההלכה, עוד בה שמבלבל דעת המתפללים כנגד הפרוכת. וכן יש לאסור להקים צורת אריות מברונזא או שיש, וכיוצא בזה, מעל ארון הקודש. ורבני ישראל נקראים לדרוש ברבים על כך, ולדבר על לב גבאי בתי הכנסת בכל אתר ואתר, במתק שפתים, להסיר צורות אלו מבתי הכנסת. ויש לעשות הדברים בחכמה ובתבונה, בשלום ובמישור, כדי שלא לגרום חס ושלום מחלוקת בבית הכנסת, כי דרכיה דרכי נועם וכל נתיבותיה שלום. ויש לפרסם ברבים שלא יוסיפו להקדיש פרוכות כאלה לבתי כנסיות. [ילקוט יוסף, ח"ב, הלכות קס"ת וביהכ"נ, עמוד שטו, ובמהדורת תשס"ד גם בעמוד תכג].
יג. מותר לתת סמל "מגן דוד" מעל ארון הקודש, או בפרוכת, וכן מותר לארוג צורת שני לוחות הברית על הפרוכת, או לתת צורה זו מעל ארון הקודש, גם אם כתוב בהם ראשי עשרת הדברות [כגון: אנכי ה', לא יהיה, לא תשא וכו']. וכן המנהג. ומותר לפתוח דלתות ארון קודש בשבת, אף שכתוב עליהם איזה פסוק, ועל ידי פתיחת הארון האותיות נשברות לשנים, ואין לחוש בזה לאיסור מוחק בשבת. [ילקוט יוסף, חלק ב',הלכות קס"ת וביהכ"נ, מהדורת תשס"ד עמוד תכג, ותפלה כרך א' סימן צ'].
יד. בתי כנסת שבחוץ לארץ שמציבים לצד ארון הקודש את דגלי המדינה, אין לעורר על זה מחלוקת, שיש להם על מה שיסמוכו. אולם במקומותינו כאן בארץ ישראל שלא נהגו בזה, בודאי שאין להנהיג דברים כאלה בבתי כנסת. [ילקוט יוסף, שם, מהדו' תשס"ד עמו' תכט, ותפלה כרך א' סי' צ'].
טו. יש נוהגים לתלות לנוי וליופי בדפנות הסוכה, פרוכת שהיתה על ארון הקודש, [מלבד הדפנות הכשרות שיש בסוכה], לקיים בזה מצות זה אלי ואנוהו, התנאה לפניו במצוות. ויש לנוהגים כן על מה שיסמוכו. ואף על פי שהפרוכת היתה פרוסה על ארון הקודש בבית כנסת, מאחר והוא נעשה לצורך מצוה של נוי סוכה, שרי להשתמש בתשמיש דתשמיש דקדושה. [ילקוט יוסף, ח"ב הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שטז, ושם, שיש חסידים שמקפידים שיתפרו המעילים באופן שהכפתורים משמאל כדי להשים הימין על השמאל, הנה בודאי שאף שיש להם סמך, וכוונתם רצויה להגביר הימין על השמאל, מ"מ חומרא בעלמא הוא].
טז. יש נוהגים בעת מלחמה ליקח פרוכות שהיו פרוסות על ארון הקודש, ולתלותם כנגד החלונות בבית הכנסת, או בביתו, כדי להאפיל על האור בלילה, בעת התפלה, או לימוד תורה. ויש לנוהגים כן על מה שיסמוכו, שגם זה נחשב לצורך מצוה. ומכל מקום עדיף יותר שיכסו את החלונות בדברים אחרים. [ילקוט יוסף, חלק ב' הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שיח].
יז. יש נוהגים לפרוס פרוכת [שהיתה פרוסה על ארון הקודש] לאפריון בבית החתן והכלה, לכבודם. ויש להם על מה שיסמוכו, ואין לאסור בזה מטעם מעלין בקודש ואין מורידין, כי לב בית דין מתנה עליהם, והוא מנהג קדום בירושלים, בהסכמת הגאונים מרי דאתרא. [ילקוט יוסף, הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שיח. שו"ת יביע אומר חלק ז' חלק אורח חיים סימן כו].
יח. ומטעם זה נהגו גם כן להניח פרוכת על כסא של אליהו הנביא בברית מילה, והסנדק יושב על הכסא, שלב בית דין מתנה עליהם, ומנהג ישראל תורה הוא, והנח להם לישראל. [יביע אומר שם].
יט. מותר לעשות כיס לטלית ולתפילין מפרוכת שהיתה פרוסה על ארון הקודש, לאחר שהפרוכת בלתה. [ילקוט יוסף, הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שיח].
כ. טס של כסף החקוק על פרוכת שבלתה, מותר להעבירו לפרוכת חדשה. ואם רוצים להתיך את הכסף הרקום על הפרוכת שבלתה, יש לעשותו לדבר מצוה. [ילקוט יוסף, הל' קס"ת וביהכ"נ עמוד שיח].
כא. נייר או ניילון שעוטפים בהם את הספרים להגן על הכריכה, ואינם מחוברים לספר, מותר לזורקן לאשפה אחר שנקרעו, ואינן צריכים גניזה כלל. [ילקוט יוסף, ח"ב, הלכות קס"ת וביהכ"נ עמ' שיט].
כב. בעלי דפוס שיש להם דפי הגה"ה רבים, ובהם דברי תורה, וקיים חשש שיקחו מניירות אלה לעשות מהם קרטונים וכדומה, ואין להם אפשרות לגנוז את כל דפי ההגה"ה, יש אומרים שאין בדפים אלה קדושת ספרים ומותר לשורפן, הואיל ונדפסו לשם הגה"ה בלבד, ולא למדו בהם. [בפרט אם עושים תנאי מראש שלא תחול קדושת ספרים על גליונות ההגה"ה]. ויש חולקים. [שם עמ' שיט].
כג. אותיות עופרת של בתי דפוס [ישנים] שנכתב בהם שמות הקודש, מותר לפרקם, שהרי מעיקרא הם עומדים לכך. ולוחות צילום שהאותיות מופיעות בהם כסדרם, דינם כדין דפי ההגה"ה הנ"ל, אחר שלא נעשו לשם לימוד. [ילקוט יוסף, חלק ב' על הלכות קס"ת וביהכ"נ, עמוד שכא].
כד. מי שחלה במחלה מדבקת ר"ל, ולאחר שיבריא יצטרכו לשרוף את כל חפציו, ומבקש שיביאו לו תפילין, יש אומרים שמותר למסור לו התפילין בשביל לקיים המצוה אף שגורם על ידי זה שלאחר מכן ישרפו את התפילין. ויש חולקים. ולדינא, אם יש לחולה צער רב מכך שאינו מניח תפילין, ויש חשש שצער זה יגרום לדרדור במצבו הגופני ויבא לידי סכנה, יש להקל להביא לו את התפילין, אף שידוע שישרפו את התפילין. ואם הוא גורם שהשריפה תהיה על ידי גוי יש להקל גם שלא במקום סכנה, כדי שלא יתבטל ממצות עשה של מצות תפילין. [ובכל אופן ישתדל שהשריפה לא תהיה על ידי ישראל. ואם אפשר יש לשכנעם שיסתפקו בקבורת התפילין ולא בשריפתם, ואם אפשר יצוה לאחד מקרוביו שאחר פטירתו יזדרז לקבור התפילין קודם שישרפום]. [ילקוט יוסף, הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שכא. ובמהדורת תשס"ד עמוד תכט. שארית יוסף חלק ג' עמוד רפח].
כה. דברי תורה הכתובים על דיסקט, או בדיסק-קשיח, מותר למוחקם, ואין בזה חשש משום מחיקת דברי תורה. ואף אם כתובים שם אותיות שם ה', מותר למוחקם.
כו. סרט של מכונת הקלטה, [טייפ] שהוקלטו עליו ברכות ותפלות וד"ת, מותר למוחקם לצורך הקלטת דברי קדושה אחרים במקומם. ומכל מקום נכון להזהר שלא להכניס סרט זה של רשם קול שהוקלטו עליו דברי קדושה, אל מקומות המטונפים, כי איסור בזיון כתבי הקודש חמור יותר ממחיקתם, וכמו שכתבו האחרונים. [ילקוט יוסף, חלק ב' הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שכא].
כז. שם ה' הנכתב ברמז, כגון אות ה', או ב"ה, ובעזה"י, אין איסור במחיקתם. [ילקו"י שם עמוד שכב].
כח. מי שהיה לו ארון עץ לספרי קודש, ולאחר שהרחיב ה' גבולו עשה ארון יפה לספרים, יש אומרים שרשאי להשתמש בארון הראשון לצורך חול, על ידי שיפקיע את קדושתו על ידי שאלה. [ילקוט יוסף, חלק ב' הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שכג].
כט. נכון שלא ליקח ספר ולהניחו תחת ספר אחר כדי להגביהו, ושיהיה לו נוח לראות בו, אלא אם כן הספר כבר מונח לפניו, שאז מותר להניח הספר השני על גביו כדי לעיין בו. [ילקו"י שם עמוד שכג].
ל. מותר לכתוב דברי תורה על גבי ספר פתוח, ויש מחמירים לכתוב על הכריכה מבפנים. [שם].
לא. אין להדליק נר של חול מנר של בית הכנסת, ותלמיד חכם הלומד בתוך בית הכנסת, רשאי להדליק סיגריה מנר של בית הכנסת, ויזהר להדליק ישר מן הנר, ולא ידליק על ידי קיסם. [הליכות עולם חלק א' עמוד רסח].
לב. תלמידי חכמים הלומדים בבית הכנסת, מותר להם להדליק סיגריה מנר הדולק בבית הכנסת, ואין להחמיר להצריך להדליק את הסיגריה על ידי קיסם או נר אמצעי, שדעת כמה פוסקים לאסור דוקא על ידי קיסם. [ילקוט יוסף, חלק ב' הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד שכה].
לג. מותר לקרוא דברים של חול, כמו מכתבים, לאור נר של בית כנסת, וכגון שנמצא סמוך לבית הכנסת, וקורא לאור נר בית הכנסת. אבל בתוך בית הכנסת בלאו הכי אין להתיר לקרוא שם דברים של חול, כמו חשבונות בנק וכדומה. [ילקוט יוסף ח"ב מהדור' תשס"ד, עמ' תמג. הליכות עולם ח"א עמוד רסז].
לד. שמן שנמצא בו עכבר מת, אם יש בו ששים כנגד העכבר, כיון שהשמן לא נאסר על פי ההלכה, מותר אף להדליק ממנו נר של בית הכנסת. [ילקוט יוסף שם, עמוד תמג, הליכות עולם ח"א עמוד רסח].
לה. נרות שעוה שהקצו אותם לכנסיה של עבודה זרה ומסרום לכומרים, וקודם שהכניסום הכומרים לכנסיה שלהם, נתנו אותם לישראל, מותר להדליקם בבית הכנסת, או לחנוכה או לנרות שבת, שדוקא קרבן אסור גם המוקצה בלבד, מה שאין כן לדבר מצוה הזמנה לאו מילתא היא. [סנהדרין מז: הליכות עולם חלק ז' עמוד רעז].
לו. מותר למכור ספר תורה ישן, על מנת לקנות בדמים ספר תורה חדש מהודר יותר. ובלבד שהספר תורה החדש יהיה מוכן, וחסר רק נתינת הדמים. [ילקוט יוסף, הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד תב. שו"ת יביע אומר חלק ח' סימן יט, עמוד עא בהערה, ועמוד עג. שארית יוסף חלק ג' עמוד רפג].