א. מוציאין ספר תורה ובעת פתיחת ההיכל בין בשחרית של שבת בין במנחה, צריך לומר הנוסח בריך שמיה וכו', שנזכר בזוהר (פרשת ויקהל דף רו ע"א), וגם בראש חודש טוב לאומרו בעת פתיחת ההיכל (ועדיף לומר בריך שמיה מאשר הנוסח יהי רצון וכו', שמייחסים אותו לבעל חמדת ימים). והאומרים אותו גם בחול בשני ובחמישי, יש להם על מה שיסמוכו. ואנו אין מנהגינו לאומרו בשני וחמישי. [ילקוט יוסף על הלכות קריאת התורה סי' קלד, עמוד ג'].
ב. כשאומרים "אנא עבדא דקודשא בריך הוא דסגידנא קמיה ומן קמיה דיקר אורייתיה", יש להשתחוות מול הספר תורה הפתוח בהיכל, והוא מנהג נכון. [ושלא כדברי הקוראים תגר ע"ז. שם].
ג. מי שנמצא באמצע פסוקי דזמרה וכל שכן בקריאת שמע וברכותיה, בעת פתיחת ההיכל, אינו רשאי להפסיק לומר בריך שמיה עם הצבור, משום דהוי הפסק. רק ישתחוה עם הצבור, באין אומר ודברים. [ילקוט יוסף על הלכות קריאת התורה וביהכ"נ [חלק ב'] סימן קלד, עמוד ד'].
ד. המנהג פשוט בארץ ישראל לומר "בריך שמיה", בעוד הספר תורה פתוח בהיכל הקדוש, לפני שעומדים להוציאו מן ההיכל, וכשמוציאים הספר תורה מן ההיכל, גם כן יהיה פתוח כדי שיראו כולם את כתב הספר תורה ולחזות בנועם ה', וכשמוציאים שני ספרי תורה מן ההיכל כפי חובת היום, נוהגים להוציאם כששניהם פתוחים ונראים לקהל. ואפילו בהחזרת הספר תורה להיכל, מנהג ארץ ישראל להחזירו מן התיבה כשהוא פתוח. וכך עדיף לנהוג בכל מקום, אך אין לעשות מזה מחלוקת, ואם נוהגים להחזירו סגור, אין לעורר על כך.
ה. בכל שבת קוראים בתורה שבעה עולים, ונהגו לקרוא שבעה עולים ולגמור עמהם את הפרשה, ואומרים קדיש, וחוזר וקורא המפטיר מה שקרא השביעי. ואם רוצים להוסיף על העולים, רשאים, וכן ביום טוב שצריך להעלות לא פחות מחמשה עולים, מותר להוסיף עליהם. באופן שכל עולה יקרא קריאה חדשה, ואף על פי שיש אומרים שבזמן הזה שהתקינו חז"ל שכל עולה לספר תורה מברך לפניה ולאחריה, אין להוסיף על העולים משום ברכה שאינה צריכה, אין הלכה כן, אלא גם בזמן הזה מותר להוסיף על העולים של חובת היום. ואדרבה בבתי כנסת גדולים שמתפללים שם קהל רב, עדיף להוסיף על העולים, כדי שיגיע לכל אחד מהקהל לעלות לספר תורה לכל הפחות פעם בחודש. אבל בבתי כנסת קטנים שאין שם קהל רב, טוב שלא להוסיף על העולים של חובת היום, אלא אם כן יש שם חתן או בעלי ברית. וכשיש שם חתן או בעלי ברית נכון שהשליח צבור הקורא בתורה יקיים בעצמו "החכם עיניו בראשו", ויקרא לכל אחד משבעת העולים לחובת היום, שלשה פסוקים, או יותר מעט, להתחיל ולסיים בכי טוב, כדי שיוכל לקרוא קריאה חדשה לכל עולה נוסף. ואם בכל זאת מחמת ריבוי העולים נדחק לחזור על אותם פסוקים, רשאי לעשות כן. ואין בזה חשש איסור ברכה שאינה צריכה, מאחר שכן המנהג. [וכן נהגו בשמחת תורה, שחוזרים וקוראים כמה וכמה פעמים קריאת ולאשר אמר]. ומכל מקום לא יוסיפו יותר מדאי, כדי שלא לגרום טורח צבור. [ילקוט יוסף שבת כרך א' עמוד שמט, יביע אומר חלק ט' חאו"ח סימן כז עמוד מא].
ו. אם טעה השליח צבור וסיים את הפרשה עם העולה השישי, ואמר קדיש, דעת מרן השלחן ערוך שהמפטיר עולה למנין שבעה, ואין צריך להעלות עולה נוסף, ויעלה המפטיר. וכתב מרן החיד"א דבאופן שהשליח צבור סבור היה שעלו שבעה עולים, ואמרו קדיש, בזה יעלה עוד אחד ויחזור לקרוא עליית שביעי, ושוב יאמר קדיש. ואחר כך יעלה המפטיר. ונכון לנהוג כדברי מרן החיד"א. [ילקו"י חלק ב' עמוד עט. וזה מדוייק יותר ממ"ש בילקו"י שבת כרך א עמוד שמט].
ז. מותר למכור בשבתות וימים טובים את העליות לתורה וכו', וכן מותר לערוך מגבית ולתרום כסף לישיבות הקדושות וכוללים, וכדומה, שהכל צורך מצוה הם, ואין בהם משום איסור מקח וממכר בשבת. [ילקו"י שבת כרך א עמוד שמט].
ח. קטן מבן שש שנים ומעלה, ויודע למי מברכים, עולה לספר תורה למנין שבעה, בין באמצע הקרואים ובין בסוף הקרואים. וכל שכן שעולה לעליית מפטיר. ויכול לקרות בתורה בעצמו פרשת עלייתו. ובמקום שיש מנהג ברור שלא להעלות קטן לספר תורה, יעשו כמנהגם. [ואם הצבור מסתפקים אם יש להם מנהג קבוע להחמיר בזה, רשאים להעלות קטן לספר תורה ולקרות בתורה בעצמו פרשת עלייתו, כדי לחנכו ולהרגילו בטעמי המקרא]. ולכתחלה לא יקרא הקטן את הפרשה כולה, ויקרא רק את פרשת עלייתו הוא. אך כשאין שם גדול היודע לקרוא בתורה, יכולים להקל לשמוע הקריאה מפי קטן שיודע לקרוא, והוא שהגיע לחינוך.
ט. מי שפסול לעדות מחמת עבירה, שעבר על לאו מן התורה, כמבואר בחושן משפט (סי' לד), אף על פי כן כשר הוא לעלות לספר תורה ומצטרף למנין העולים של חובת היום. אבל המחלל שבת בפרהסיא או שאומר שאינו מאמין בדברי חז"ל, מאחר שדינם כגויים לכל דבריהם, לכתחלה אסור להעלותו לספר תורה בכלל העולים בחובת היום, אלא יעלוהו עם הנוספים על חובת היום, אחר קריאת הששי, בתור "גם העולה", ואם יש חשש פן יפרוץ ריב ומדון ומחלוקת אם לא יעלוהו בתוך העולים לס"ת בחובת היום, מותר להעלותו, אך יוסיפו על מנין העולים יהודי כשר להשלים את חובת היום. ומותר לענות ברוך ה' המבורך ואמן אחר עליית זה הפסול, בעת שאומר ברכו את ה' המבורך, וברכות התורה. והקריאה שקרא השליח צבור לזה הפסול, אין צריך לחזור עליה לאיש כשר, שאין קריאת הספר תורה אלא להשמיע לעם, וכבר נשמעה מפי השליח צבור שהוא יהודי כשר. אולם אין להעלות מחלל שבת לעליית מפטיר.
י. עשרה שהתחילו לקרוא בספר תורה בשבת שחרית, ויצא אחד מהם והלך לו באמצע קריאת התורה, ונשארו רוב מנין, רשאים כל שאר העולים של חובת היום לעלות לספר תורה ולברך ברכות התורה לפניה ולאחריה, עד שיסיימו כל חובת היום, הואיל והתחילו בהיתר. אך העולה השביעי שהוא המשלים, לא יאמר קדיש אחר קריאת התורה, שהקדיש ענין אחר הוא. והמפטיר יהיה השביעי, דקיימא לן מפטיר עולה למנין שבעה, אך לא יברך על ההפטרה, לא לפניה ולא לאחריה. ורק אם היה מנין בעת שהתחיל ההפטרה ויצא אחד או שנים מהמנין, יוכל לסיים ההפטרה עם ברכותיה האחרונות, הואיל והתחיל בהיתר. [ילקו"י שם עמוד קכו].
יא. ראש חודש ניסן שחל להיות בשבת, מוציאים שלשה ספרי תורה, וקוראים בראשון בפרשת השבוע ששה עולים, ואין אומרים אחריו קדיש, והמשלים קורא בספר שני פרשת ראש חודש, ואומר אחריו קדיש, והמפטיר קורא בספר השלישי פרשת "החודש הזה לכם", ואומר אחריו קדיש. ובמקומות שנוהגים תמיד להעלות לספר תורה ראשון שבעה עולים או יותר, יאמרו קדיש גם אחר ס"ת ראשון, ובסך הכל יאמרו שלשה קדישים. והוא הדין לראש חודש טבת שחל בשבת, שמוציאים בו שלשה ספרי תורה (פרשת השבוע ר"ח וחנוכה), וכן בר"ח אדר שחל בשבת, שמוציאים בו שלשה ספרי תורה (פרשת השבוע ר"ח ושקלים), שיאמרו קדיש גם אחר ספר תורה ראשון, אם קראו בו שבעה עולים או יותר. [ילקו"י על הל' קריאת התורה, עמ' ק].
יב. אסור לאחוז בספר תורה בגוף הקלף או הגויל בלי מטפחת, בין כשגולל הספר תורה בעת קריאת התורה בצבור, ובין כשגולל הספר תורה בינו לבין עצמו, והחמירו חכמים הרבה מאד בזה, ואמרו, שכל האוחז ספר תורה ערום בלי מטפחת, נקבר ערום בלא אותה מצוה שעשה בעת אחיזתו, אם זו קריאה, או גלילה. וצריך להזהר מאד בזה. [ילקו"י ח"ב הל' קריאת התורה עמ' רא].
יג. אם בשעת הקריאה בספר תורה נמצא שנטף שעוה על אותיות שבספר התורה, ונתכסו האותיות לגמרי, אין להמשיך הקריאה באותו הספר, אלא צריך להוציא ספר תורה אחר להשלים הקריאה. אבל אם השעוה היא בפרשה אחרת שאינה חובת היום, יש להקל להמשיך הקריאה באותו הספר בברכות. וכן אם אין להם ספר תורה אחר, והשעוה בפרשה אחרת, רשאים לקרוא לכתחלה בספר תורה זה בברכות. אולם אסור לגרד בשבת השעוה מעל האותיות. [ילקוט יוסף על הלכות קריאת התורה וביהכ"נ, חלק ב', עמוד קנד].
יד. העולה לספר תורה חייב לקרוא בפיו בלחש עם השליח צבור, ואינו יכול לצאת ידי חובה בשמיעה בלבד מטעם שומע כעונה, שבקריאת ספר תורה יש דין מיוחד לקרוא בעצמו. ואם אינו עושה כן יש לחשוש שברכותיו הן ברכות לבטלה. [ילקו"י שם עמוד צז].
טו. אין להקפיד בקריאת התורה על המבטאים השונים, ולכן ספרדי השומע קריאת התורה במבטא אשכנזי, יוצא ידי חובתו. והוא הדין לאשכנזי השומע קריאת התורה במבטא ספרדי. ומכל מקום בקריאת פרשת זכור ופרשת פרה שחיוב קריאתם מן התורה, ראוי ונכון לכל אחד לשמוע קריאת הפרשה כפי מנהג אבותיו. [ילקו"י על הלכות קריאת התורה וביהכ"נ עמ' שמט].
טז. אסור לאדם לצאת מבית הכנסת באמצע קריאת התורה, משום שנאמר "ועוזבי ה' יכלו". ומכל מקום בין גברא לגברא מותר, ובפרט אם הוא צריך לכך, ואף על פי שהוא מפסיד מן הקריאה בתורה של השליח צבור בקריאה שלאחר מכן, מכל מקום לא היתה תקנת הנביאים לקרות בספר תורה אלא בצבור, ולא הטילו חובת הקריאה על כל יחיד ויחיד, וכל שקראו בצבור סדרו של יום אפילו אם כמה יחידים לא שמעו קריאת ספר תורה, נתקיימה תקנת הנביאים. ורק קריאת שנים מקרא ואחד תרגום היא חובה על כל יחיד ויחיד. [ילקו"י שם עמ' קצא].
יז. מי שנסע בימי חג הפסח לחוץ לארץ, ואז חל יום טוב שני של גלויות של שביעי של פסח ביום שישי, שבארץ ישראל קוראים למחרת פרשת השבוע, ואילו בחוץ לארץ קוראים כל הבכור, ונמצא שיש הפרש בין ארץ ישראל לחוץ לארץ בפרשה אחת, וכשהוא חוזר לארץ עלול להפסיד קריאת פרשה אחת, טוב שיעלה במקום כהן ויקרא כל הפרשה כולה [שחסרה לו] ושלשה פסוקים מפרשת השבוע לפי מנהג ארץ ישראל, ובזה יוצא ידי חובה לכולי עלמא. ובלבד שהצבור מוחלים על טורח צבור שבדבר. [שו"ת יביע אומר חלק ט' חאו"ח סימן כח].
יח. אם לא היה בבית הכנסת אלא ספר תורה שאינו כשר לקרוא בו, וקראו בו שבעה עולים בפרשת השבוע בלי ברכה, יכולים לקרוא ההפטרה בברכותיה, לפניה ולאחריה. ואף שיש חולקים ואומרים שכל שלא קראו בתורה בברכה שבעה עולים אין יכולים לקרוא ההפטרה בברכותיה, מכל מקום מכיון שברכות ההפטרה הם ברכות השבח, יש לסמוך על דעת מרן בשם הרשב"א והאחרונים שגם בכהאי גוונא יכולים לברך על ההפטרה. [שו"ת יביע אומר חלק ט' חלק אורח חיים סימן כט].
יט. אין מוציאין שני ספרי תורה כדי לקרות בספר תורה השני פרשת המוספים, מפני שאין בה אלא שני פסוקים. [ילקו"י שבת כרך א עמוד שנא].