א. אחר עשיית צרכיו, גדולים או קטנים, צריך ליטול ידיו ולברך אשר יצר וכו'. ויתבונן בחכמה הנפלאה של הקדוש ברוך הוא שבה נעשה האדם על כל מערכותיו הגופניות, המורכבות מתאים רבים, וכל תא פועל באופן מדוייק, ויש תאים רבים המגינים על הגוף מאלפי חיידקים הנכנסים לגוף בכל רגע, ועל כל זה יש להודות להקדוש ברוך הוא בשמחה על הטובה הזו. ומודה על מערכת העיכול שבגופו, שהיא המצילתו מכל מיני חולאים וגורמת לו שיחיה. ומזכירים בברכה זו לפני כסא כבודך, להוציא מדעת הכופרים האומרים שהקדוש ברוך הוא לא משגיח על העולם השפל. ומפליא לעשות, במה ששומר רוח האדם בקרבו וקושר דבר רוחני בדבר גשמי, וזאת בזכות שהוא רופא כל בשר, כי אז האדם בקו הבריאות ונשמתו משתמרת בקרבו. [ילקו"י השכמת הבוקר עמ' תפא].
ב. כבר נתבאר לעיל שאין צריך כלי לנטילה זו, אלא יוכל ליטול מהברז. ומכל מקום יטול ג' פעמים. ומכל מקום המחמיר ליטול מכלי, תבוא עליו ברכה. [ילקו"י שם עמוד תפב].
ג. גם הנשים חייבות בברכת אשר יצר שנתקנה על ידי אנשי כנסת הגדולה. וכן יש לחנך את הקטנים שיטלו ידיהם אחר שעשו צרכיהם, ויברכו ברכת אשר יצר. ועל הנשים ללמוד ברכה זו בעל פה, כי היא צריכה מאד, ונעשה בה תיקון גדול, וכל אדם צריך להבין את פירוש הפשטי של נוסח הברכה, שידע מה הוא אומר. [ילקו"י על הלכות השכמת הבוקר עמוד תפה, שארית יוסף ח"א עמוד עד].
ד. העושה צרכיו, בין גדולים בין קטנים, ושכח לברך מיד ברכת "אשר יצר", אם נזכר תוך שיעור פרסה [דהיינו שבעים ושתים דקות], יברך אשר יצר, ואם לאו לא יברך. והשומע ברכת אשר יצר מחבירו המברך לאחר שיעור פרסה, לא יענה אחריו, מספק אמן יתומה. ואם נתעורר שוב לנקביו בתוך השיעור הנ"ל לא יברך "אשר יצר" עד לאחר שיסך רגליו. [ילקו"י שאר"י ח"א עמוד עד. ילקו"י על הל' השכמת הבוקר, תשס"ד, עמוד תפו. וראה בהערה באורך בענין הכלל אילו היה מרן רואה דברי הראשונים שנעלמו ממנו היה חוזר בו. וכן ראה שם בענין מנהגינו שעושים יחוד רק אחר החתונה, ולא אחר החופה מיד].
ה. מי שהוצרך לנקביו ואם יברך אשר יצר יפסיד תפלה בצבור, אם יניח את הברכה לאחר התפלה, יש לחוש שמא ישכח מלברך, יברך עכשיו אשר יצר, ואחר כך יזדרז להתפלל עם הצבור, ואם יצטרך, ידלג כמה מהמזמורים, [ראה להלן סימן נט], כדי שיוכל להספיק להתפלל בצבור. אך אם נותן סימן ולא ישכח מלברך אחר התפלה, וגם לא יעברו ע"ב דקות, עדיף שיניח את ברכת אשר יצר לאחר התפלה, ויתפלל כסדר בלא דילוגים. וכן מי שענה בתפלת ערבית ברוך ה' המבורך לעולם ועד, והוצרך לנקביו, יניח ברכת אשר יצר לאחר ערבית. ורק אם יש חשש שישכח מלברך, יברך קודם שיתחיל ברכת אשר בדברו. [ילקו"י על הלכות השכמת הבוקר מהדורת תשס"ד, עמוד תקב].
ו. בברכת אשר יצר יש הנוהגים לומר "אֵי אפשר" א' בצירי, [או סגו"ל], ויש הנוהגים לומר אִי אפשר, הא' בניקוד חיריק, ואין הכרע בדבר, ומי שאומר בניקוד חיריק יש לו על מה לסמוך, וכן מי שאומר בניקוד צירי יש לו על מה לסמוך. [ילקו"י על הל' השכמת הבוקר סימן ו' הערה ו', עמוד תקג].
ז. מנהגינו לומר "אפילו שעה אחת". והטעם לזה, שגבול יש לאדם שיכולים נקביו ליסתם ולא ימות, וכיון שעבר אותו גבול אי אפשר להתקיים יותר אפילו שעה אחת. ועוד, שהרי יש איברים שאם נפתחים או נסתמים אי אפשר להתקיים שעה אחת. ואין לשנות מן המנהג. [ויש אומרים שעה אחת א' בניקוד סגול, ויש אומרים בניקוד פת"ח]. [ילקוט יוסף על השכמת הבוקר סימן ו', הע' ז', עמוד תקד].
ח. מנהגינו לחתום "רופא כל בשר ומפליא לעשות", וכן הוא הגירסא בגמרא ובהרי"ף והרמב"ם. ויש גורסים: "רופא חולי כל בשר", אך אין לשנות מהמנהג. [שאר"י ח"א עמ' עו. ילקו"י השכמת הבוקר עמ' תקה].
ט. מי שטעה ולא סיים בברכת אשר יצר "ומפליא לעשות" אינו חוזר לברך, דספק ברכות להקל.
י. ראוי ונכון שלא ינגב את ידיו בעת שמברך אשר יצר, שאין להתעסק בשום עסק באמצע ברכה שאדם מברך. ובפרט במי שיודע שיכוין יותר אם יברך אחר הניגוב, שיש לו להמתין מלברך עד אחר שינגב ידיו. ויש מי שאומר דמאחר והניגוב שייך לברכת אשר יצר, אין קפידא לנגב באמצע הברכה. ומיהו המקילים לנגב הידים באמצע הברכה יש להם על מה שיסמוכו. [ילקוט יוסף שם עמ' תקז].
יא. מי שהוצרך לנקביו, ואחר שהתפנה בירך ברכת אשר יצר, ואחר כך חבירו הוצרך לנקביו ומבקש שיחזור לברך ברכת אשר יצר כדי להוציאו ידי חובה, אף דקיימא לן אף על פי שיצא מוציא, מ"מ בברכות השבח אין אומרים כלל זה, אחר שאין חיוב כמו לולב. [מאירי ר"ה כט. שם עמ' תקט].
יב. מי ששכח לברך אשר יצר קודם התפלה, יש אומרים שאינו יכול לברך אחר התפלה, שכבר יצא ידי חובת הברכה בברכת רפאנו. והעיקר לדינא שלא יצא ידי חובה, ויברך אחר התפלה, והוא שלא יעבור זמן שיעור מהלך פרסה, שהוא שבעים ושתים דקות. [ילקוט יוסף על הלכות השכמת הבוקר עמוד תקיא].
יג. הקם בבוקר ומרגיש שצריך מאד לנקביו, אין לו להחמיר על עצמו ולשהות עד שיטול ידיו, אלא יפנה קודם שיטול ידיו, כדי שלא יעבור על איסור בל תשקצו. אך יזהר שלא יגע באבריו [מה שאינו הכרחי] עד שיטול ידיו. ואם אינו צריך כל כך לנקביו, [ואינו בגדר של בל תשקצו], אם ירצה להחמיר על עצמו וליטול ידיו קודם שהולך לשירותים, תבא עליו ברכה, ורשאי להחמיר בזה. אבל מעיקר הדין מותר לו לילך לבית הכסא לעשיית צרכיו, ורק אחר כך ליטול ידיו שחרית. וכבר נתבאר לעיל בסימן ד', שמעיקר הדין מותר גם ללבוש את הבגדים קודם הנטילה. [שם עמוד תקיג].
יד. כבר נתבאר לעיל [סימן ד'] שמי שניעור בלילה לעשות צרכיו ודעתו לחזור מיד ולישון, אם חוזר לישן באופן שיש לחוש שיעבור זמן כדי שיוכל לברך אשר יצר [שיעור מהלך פרסה], יטול ידיו כדי לברך אשר יצר, ואם המים רחוקים ויש לו טורח גדול לילך ליטול ידיו, [וגם חושש שעל ידי שיטול ידיו לא יוכל לחזור לישן, והדבר יגרום לו עייפות במשך היום וכו'], בשעת הדחק כזו יוכל לנקות ידיו במידי דמנקי, כדי לברך אשר יצר. [שם עמוד תקיג].
טו. הנפנה לצרכיו ויצא מבית הכסא, וקודם שנטל ידיו שמע קדיש או קדושה, ישפשף ידיו במידי דמנקי, או בבגדו, ויענה אמן וקדושה עם הצבור. וכן היוצא מבית הכסא וטרם שנטל ידיו ראה ברקים או שמע רעמים, יברך הגם שעדיין לא נטל ידיו. וישפשף ידיו במידי דמנקי. [שם עמוד תקיד].
טז. מברכים בשחר כל ברכות השחר אף שלא נתחייב בהם, וכגון מי שהיה ניעור כל הלילה, כל ברכות השחר, חוץ מברכת על נטילת ידים. [אך נוטל ידיו בלי ברכה]. [שם].
יז. ברכת "אלהי נשמה" באה להודות להשי"ת על בריאת הנשמה, ועל נתינתה וחזרתה לתוך הגוף. ובאה להזכיר לאדם את שבועתו אשר נשבע להקדוש ברוך הוא בירחי קדם, לשמור את נשמתו בטהרתה, ולא להכתימה בחטאים. ומעיקר הדין אין צריך להסמיך ברכה זו לברכת אשר יצר, מפני שאין ברכת אלהי נשמה נחשבת לברכה הסמוכה לחבירתה. ומה שאינה פותחת בברוך היינו משום שהיא ברכת ההודאה, וברכות ההודאות אינן פותחות בברוך אפילו אינן סמוכות לברכות אחרות. ומכל מקום טוב ונכון לסמוך ברכת אלהי נשמה לברכת אשר יצר, לחוש לדעת הפוסקים שסוברים כן. [אך אין למחות במי שעושה כדעת מרן השלחן ערוך ואינו מסמיך ברכת אשר יצר לברכה זו]. [שאר"י ח"א עמ' פא. ילקו"י על הלכות השכמת הבוקר עמוד תקטו].
יח. יש נוהגים שאחר שבירך אחד ברכות השחר וענו אחריו אמן, חוזר אחד מהעונים אמן ומברך ועונים אחריו אמן, וכסדר הזה עושים כל אותם שענו אמן תחלה, ואין לערער עליהם ולומר שכבר יצאו ידי חובת הברכות בעניית אמן, מפני שהמברך אינו מכוין להוציאם י"ח. ואפילו אם היה מכוין להוציאם, הם מכוונים שלא לצאת בברכתו. [שאר"י ח"א עמוד מט. ילקו"י השכמת הבוקר עמוד תקטז].