א. אמרו חז"ל: "מעולם לא זזה שכינה מכותל המערבי של בית המקדש". ואמרו עוד: "הנה זה עומד אחר כתלינו, אחר כותל המערבי של בית המקדש, שנשבע לו הקדוש ברוך הוא שאינו חרב לעולם". ומקום הכותל המערבי סמוך לבית קדש הקדשים, שמכוון כלפי בית מקדש של רקיע של מעלה. והמתפלל במקום מקודש זה כמתפלל לפני כסא הכבוד של הקב"ה, שמשם פתח פתוח לרוחה לשמוע ולקבל תפלתם של ישראל, כמו שנאמר, אין זה כי אם בית אלוקים וזה שער השמים. ולכן מנהג שלומי אמוני ישראל שמתפללים ושופכים צקון לחשם ורחשם ליד הכותל המערבי, שהוא שריד בית מקדשינו, ואשר נוסד על ידי דוד ושלמה. וקדושת המקום גורמת לבאים בחצרות ה' להתעורר בהתלהבות קודש ברשפי אש שלהבת יה, ולהתפלל בכוונה באימה וביראה. ואשרי המכוין דעתו בתפלה זכה וברה לפני ה' יתברך, שאז מובטח הוא שלא תשוב תפלתו ריקם, כמו שנאמר (תהלים י): תכין לבם תקשיב אזניך. כלומר, אם סייעוהו משמי מרומים לכוין לבו בתפלתו, אז בודאי שאזני ה' כביכול קשובות לקול תחינתו. ומצוה לנשק אבני הכותל ולחונן את עפרה, שנאמר, כי רצו עבדיך את אבניה ואת עפרה יחוננו. [כתובות קיב. ילקו"י, הל' קס"ת וביהכ"נ עמוד רעב].
ב. לפיכך חובה קדושה להכנס ליד הכותל המערבי ביראת כבוד ובכובד ראש, וחלילה להקל ראש כלפי הקודש. ולכן אסור מעיקר ההלכה להכנס לשם בגילוי ראש, בין אנשים ובין נשים. (וכמו שאמרו חז"ל: וירם יד במלך, שחלץ תפילין בפניו. ופרש"י, שגילה ראשו לפניו. ובשבת קנא: כסי רישיה כי היכי דתיהוי עליה אימתא דשמיא). והנשים אשר מוזהרות ועומדות שבכל הליכתן חייבות ללבוש בגדי צניעות, כל שכן שמוזהרות בלכתן אל הכותל המערבי, לבל יכנסו בבגדים ללא שרוולים, או במחשוף, לא תהא כזאת בישראל. ולמוכיחים ינעם ותבא עליהם ברכת טוב. וחובה קדושה מוטלת על האחראים על קדושת המקום להקפיד על קיום המחיצה הקיימת בין גברים לנשים. [ילקוט יוסף, חלק ב', הלכות בית הכנסת וקריאת התורה עמוד רעה].
ג. אסור לבוא ליד הכותל לשם ביקור של טיול, או לשם צילום בלבד, וכן אסור בהחלט לדבר שם בשיחה בטילה, כי המקום קדוש לתורה ולתפלה. ואסור לאכול ולשתות על יד הכותל, במקום שנתקדש על ידי רבבות ישראל לתפלה. והמיקל ראשו בשיחה בטילה או באכילה ושתיה ועישון, עוונו גדול מנשוא, ועליו נאמר מי ביקש זאת מידכם רמוס חצרי. ואם עושים ברית מילה על יד הכותל טוב שלא לכבד שם בממתקים ומגדנות רק מחוץ לתחום הסמוך לכותל. [שם, עמוד רעז].
ד. מעיקר הדין מותר למתפללים שעל יד הכותל המערבי להכניס יד בתוך הסדקים שבין נדבכי הכותל. וכן מותר לאיש לא טהור, אפילו שהטומאה יצאה מגופו, כגון זב ובעל קרי, להכנס בלי טבילה, על יד הכותל להתפלל שם, וכן הדין לאשה יולדת לפני טבילתה. כי הכותל המערבי הוא חומת הר הבית, והעומדים לפניו עומדים מחוץ לחומת הר הבית. ולכן מותר להיכנס לשם עם נעלים. ויש להזהר שלא לנתוץ אפילו חלק קטן מאבני הכותל, וכן שלא לקחת מעפר שבין נדבכי הכותל. [ילקוט יוסף, חלק ב' הלכות בית הכנסת וקריאת התורה עמוד רעט].
ה. אסור להכנס בזמן הזה להר הבית, שהוא מקום המקדש, כולל כל שטח ההיכל והעזרות והחיל, מפני שכולנו טמאי מתים, וקדושה ראשונה שקידש שלמה את בית המקדש קידשה לשעתה וקידשה לעתיד לבוא, וקדושת המקדש מפני השכינה, ואין השכינה בטילה לעולם. שנאמר, והיו עיני ולבי שם כל הימים, ונאמר, והשימותי את מקדשיכם, אף על פי שהם שוממים, בקדושתם הם עומדים. לפיכך הנכנס למקדש בזמן הזה מתחייב באיסור כרת, ומצוה לפרסם הדבר ברבים להסיר מכשול מדרך עמנו. [ילקוט יוסף, הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד רפ].
ו. ענבים הגדלים בהר הבית בזמן הזה, ומובאים למכירה על ידי הערבים, מותר לקנותם ולאוכלם. וכן מים שנשאבו על ידי הערבים מהבור שבעזרת בית המקדש, מותר לשתותם. [שארית יוסף חלק ג' עמוד רפ. שו"ת יביע אומר חלק ה' חיו"ד סימן כו אות י', וחלק ח' עמוד נז בהערה].
ז. אסור לטוס במטוס או בהליקופטר על שטח הר הבית להשקיף עליו, כי קדושת אויר העזרה וההיכל נמשכת עד לרקיע והרי הוא כעזרה. [ילקוט יוסף, הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד רפב].
ח. כשיש צורך בדבר, מותר לחתוך בזהירות את העשבים הגדלים בין אבני הכותל, ואין שום קדושה בעשבים אלה. [ילקוט יוסף, הלכות קס"ת וביהכ"נ עמוד רפב].