א. אין הצבור רשאים לצאת מבית הכנסת עד שיצניעו את הספר תורה במקומו הראוי לו. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד רג].
ב. בתי כנסת בחוץ לארץ, שהשמשים שם הם גויים, ואף השוער שבידו מפתחות בית הכנסת הוא גוי, יש להניחם במנהגם, ואין לאסור בזה משום שמניחים את בית הכנסת עם הספרי תורה ברשות הגוי, ובלילה יכול לעשות שם ככל שלבו חפץ, שכיון שהגוי הוא שכיר אצליהם, לא יזיק לעצמו, פן יגרשוהו וילך, ובפרט כשכל פרנסתו תלויה בזה. וכן מותר להוביל ספרי תורה וספרי קודש לבית האסורים שבחו"ל, כדי שלא לבטל את היהודים האסורים שם מקריאה בספר תורה. אלא שיקפידו לייחד ארון לספר תורה, והמפתח לארון זה יהיה ביד ישראל. [ילקוט יוסף, הל' קריאת התורה עמוד רג].
ג. כשמחזירים הספר תורה לארון הקודש, אין צריכים כל הקהל ללוות את הספר תורה עד לארון, מאחר והקהל נשאר בבית הכנסת להמשך התפלה, או לתפלת מוסף. אך העומדים סמוך לארון הקודש ילוו את הספר תורה מן ההיכל לבימה, ומן הבימה להיכל, שזהו כבוד התורה, ויש אומרים שמפני זה אין לקבוע את הבימה סמוך לארון הקודש, שהרי מוציאים את הספר תורה ומחזירים אותו בלי שום ליווי וכבוד, ודבר זה אסור לעשותו. ולדינא אין בזה קפידא. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, בהוספות ומילואים שבסוף הספר, מהדורת תשס"ד, עמוד שצו. שו"ת יביע אומר חלק ח' סימן יז].
ד. בית כנסת שיש להם ז' היכלות, שכל היכל הוקם בתרומה של יחיד ושמו כתוב על ההיכל שתרם, וכל אחד מהתורמים רוצה לזכות להוציא ממנו את ספרי התורה בשבתות וימים טובים, יכולים להוציא כל שבת את הספר תורה לפי סדר ההיכלות, לפי תורנות. ולאו דוקא מההיכל האמצעי כמנהג ג'רבא, וכן מנהגינו בארץ הקודש, ואין צריך להקפיד שיוציאו הספר תורה רק מההיכל האמצעי, וכן כשיש ב' או ג' ספרי תורה בשבת, יש להוציאם לפי התור של ההיכלות. [ילקוט יוסף, חלק ב', ספר על הלכות קריאת התורה ובית הכנסת, עמוד רה].
