התפילות בראש השנה בהיכל ישיבת 'לב אליהו' הרקיעו שחקים נוכח האבידה הגדולה בהסתלקותו של ראש הישיבה הגאון הגדול רבי יעקב זכריה זצוק"ל סמוך לראש השנה. על כסאו של ראש הישיבה הונח נר זיכרון שדלק במהלך כל ימי החג, וכן השופר בו היה אמור לערוך את התקיעות בהיכל הישיבה.
בעיצומה של חזרת הש"ץ בתפילת מוסף ניגנו בני הישיבה מנגינות רגש של התעוררות וסליחות כשהם מקיפים את כסאו של ראש הישיבה ופורצים בבכי לנוכח הקושי הגדול.
כמו"כ למחרת ראש השנה במוצאי צום גדליה, נערכה עצרת התעוררות ומספד לקראת כלות השבעה לראש הישיבה, שם נשאו דברים: פוסק הדור מרן הראש"ל רבנו יצחק יוסף שליט"א, הראש"ל רבי שלמה משה עמאר שליט"א, הגאב"ד הגר"ש זעפראני, הגר"מ פנירי, וראש הישיבה הגאון רבי עובדיה חזן שהוכתר לשמש כראש ישיבת 'לב אליהו' תחת חמיו ראש הישיבה זצ"ל.
גדולי התורה ספדו לראש הישיבה וקראו לבני הישיבה לשמר את מפעל חייו ולחזק את הישיבה הקדושה בהמשך עסק התורה.
